本文运用植物区系地理学的基本原理,通过对阿拉善荒漠区种子植物科、属、种的组成和地理成分统计、排序,并与中国西北其他干旱荒漠区植物区系进行对比分析,结果表明:阿拉善荒漠区植物种类的多样性较高,有种子植物(包括栽培种)87科377属1091种,野生种子植物84科371属1068种,其中有裸子植物3科7属18种,分别占内蒙古同类别的2.4%、1.0%、0.8%;被子植物81科364属1050种,分别占内蒙古同类别的64.8%、51.9 %、46.7%,体现了对地理自然环境的适应性。在中国种子植物属的15个分布类型和31个变型中,本区就占有15个类型和17个变型,这种区系的混杂性反映了各地植物区系在本区的汇集与融合,表明该区系成分复杂,属的分布区类型以温带成分占绝对优势,本类型共有221属,824种,分别占总属数、种数的59.6%和77.2%,其中北温带分布型所占的百分比数最高,占本区种子植物区系中非世界属数的30.8%,反映出该区系的温带性质。在阿拉善荒漠区种子植物区系中,中国特有属13属,其中8属为单种属或寡种属,尽管阿拉善荒漠区种子植物区系中的中国特有属显得贫乏,但特有种却相对较多,中国特有分布种总共有149种,占到本区野生种子植物总数的13.9%,在本区有非常重要的生态意义。该区系又具有明显的脆弱性,主要由于阿拉善荒漠区地处亚洲荒漠,自然条件极差,生态系统功能较低,再加上人类活动频繁,生态环境进一步恶化。区系的脆弱性表现在植被一经破坏,在严酷的自然环境下,常常发生根本性变化,很难恢复。利用相似系数及建立模糊矩阵的方法对阿拉善荒漠区及相邻荒漠植物区系进行比较分析,结果表明,阿拉善荒漠区种子植物区系成分与河西走廊关系最为密切,无论是区系组成或发生方式都非常接近;与塔里木盆地、柴达木盆地关系次之,与准噶尔盆地差异显著,这主要由它们的生态地理条件、区系成分的组成及植被建群种和优势种等差异所决定的。