建立基于Web的药物专利检索系统的核心问题是药物专利中采用的族性结构的计算机表示方法的问题。本论文系统的回顾了国内外族性结构处理的发展和现状，吸取众家之长，提出了族性结构新的表达方案——数字编码，从药物分子的角度探讨了数字编码的理论基础。该处理方案首先利用SMILES线性编码程序对环和非环原子，特别是对芳香环原子的识别算法，实现了结构式的程序拆分，打断结构式中原子和键的连接关系，将结构式拆分成Ring和Fragment两类结构片断，利用生成全结构SMILES编码的算法生成Ring和Fragment的唯一SMILES编码；其次，从结构片断编码中提取结构信息，用数字表示Ring和Fragment的类型和属性得到Ring和Fragment的数字编码表达式；最后，分别按照预先定义的Ring和Fragment的优先级别排列组合Ring和Fragment的数字编码就是全结构的数字编码表达式，重新构建了原结构原子和键的连接关系。数字编码将确定结构族性化表示，将族性结构适当展开，用有限的数字编码表示可能包含有成百上千个确定结构的族性结构。用面向对象程序设计方法(OOP)实现了数字编码方案的一系列算法，用Java语言完成了能够运行于网页的Applet程序StruDraw，对提问结构式用该程序实现了结构的拆分和数字编码。由于数字编码规则简单，适用于药物专利标引，建立供检索的药物专利数据库。本论文基于Windows2000+ⅡS5.0平台设计并实现了基于Web的药物专利检索系统，能够提供确定结构检索确定和族性结构，族性结构检索族性结构，达到了论文的预期目的。