现代公司发展日益繁荣,股权转让是商事活动中常见的交易行为,是社会资产流动的重要组成部分。我国2013年《公司法》确立了认缴资本制度,公司投资热情空前高涨,激发了市场投资的活力。但对裁判文书进行量化实证的研究表明,瑕疵股权的转让纠纷案件数量呈逐年增长之势。《公司法司法解释（三）》的出台对解决瑕疵股权转让纠纷起到不可忽视的作用,但由于此类纠纷的复杂性,其在解决某些具体问题上也难免显得有些乏力。尤其在针对瑕疵股权转让协议效力、瑕疵股权受让人的善意认定以及瑕疵股权转让后责任承担等问题,法律并未明确的加以规定,司法实践中也欠缺统一的认识和裁判思路。笔者从实务案例的角度出发,运用实证研究方法对司法裁判中涉及瑕疵股权转让的相关案例进行整理,重点关注法院改判以及对法律认定不同的部分,分析法院对争议案件的裁判逻辑,并结合我国学术理论界的学术观点对裁判逻辑进行利弊分析,在此基础上提出个人的建议。在转让协议效力认定方面,肯定了瑕疵股权转让协议的可撤销性,同时对瑕疵股权受让人撤销权的行使予以限制,达到维护交易稳定的目的。笔者在肯定受让人善意的同时,亦对善意的认定提出了更细致的认定标准。责任承担方面,笔者采纳区分责任说,明确瑕疵股权转让后的责任承担问题,并建议在《公司法司法解释（三）》第18条基础上,将董事、高级管理人员纳入承担责任的主体中,以保障公司债权人的信赖利益。