目的：考察口服苦参干预下大鼠胃肠道菌群多样性的影响，以及胃肠道中优势细菌数量的变化情况，探讨苦参对大鼠胃肠道菌群结构的影响。　　方法：采用高剂量、中剂量、低剂量苦参水煎剂灌胃干预SPF级别SD大鼠，并设空白对照组以及抗生素对照组。在灌胃第7天、14天、21天结束时随机抽取各组动物进行取材，采集大鼠胃、十二指肠、空肠、回肠、结肠及内容物，提取各样本中的细菌DNA，采用细菌16s rDNA V3区通用引物进行PCR扩增，将PCR扩增后的产物进行变形梯度凝胶电泳，利用Quantity one分析肠道菌群多态性;采用实时荧光定量PCR技术检测胃肠道中大肠杆菌、肠球菌、乳酸菌、梭菌属及拟杆菌的起始拷贝数，并对其数量变化进行统计学分析。采用高通量测序各组21天样本，整体性分析肠道菌群结构的变化。　　结果：1.苦参给药7天，胃部低、高剂量组乳酸菌减少(P＜0.05)，中剂量组梭菌属明显减少(P＜0.01)，高剂量组明显增多(P＜0.01);十二指肠各剂量组大肠杆菌明显增多(P＜0.01);空肠部位各剂量组肠球菌明显减少(P＜0.01)，低、高剂量组梭菌属明显减少(P＜0.01);结肠部位低、中剂量组大肠杆菌明显减少，低、高剂量组梭菌属增多(P＜0.05)。2.苦参给药14天，十二指肠各剂量组大肠杆菌增多(P＜0.05)，拟杆菌明显减少(P＜0.01);空肠低、中剂量组大肠杆菌明显减少(P＜0.01)，梭菌属增多(P＜0.05)，中、高剂量组乳酸菌增多(P＜0.05)，各剂量组肠球菌明显增多(P＜0.01);回肠各剂量组乳酸菌减少(P＜0.05);结肠低、中剂量组大肠杆菌和乳酸菌减少(P＜0.05)，各剂量组肠球菌和梭菌属减少(P＜0.05)。3.苦参给药21天，十二指肠各剂量组大肠杆菌及乳酸菌减少(P＜0.01)，高剂量组梭菌属明显减少(P＜0.01);空肠中剂量组拟杆菌数量明显减少(P＜0.01)，高剂量组肠球菌和梭菌属明显减少(P＜0.01);回肠低剂量组肠球菌和拟杆菌数量减少(P＜0.01)，各剂量组乳酸菌和梭菌属数量减少(P＜0.01);结肠部位各剂量组大肠杆菌明显减少(P＜0.01)，低、高剂量组肠球菌和梭菌属明显减少(P＜0.01)。4.PCR-DGGE结果显示，雌鼠苦参给药各部位菌群丰度较空白组有所减少，雄鼠肠道菌群较雌鼠丰度高，变化趋势更显著;雄鼠21天各组高通量测序结果与DGGE结果相似，苦参给药会对肠道菌群的结构造成较大影响。　　结论：苦参对大鼠胃肠道菌群结构的变化有较大影响，雄鼠肠道菌群较雌鼠丰度高;长时间的苦参给药会导致胃部、十二指肠及结肠的菌群紊乱;苦参使大鼠胃部乳酸菌数量减少，十二指肠内的大肠杆菌数量增多，空肠肠球菌及乳酸菌数量增多，结肠肠球菌数量减少，长时间大剂量给药会导致肠道各部位梭菌属的紊乱。