随着经济持续快速发展,我国的产业集聚程度不断提高,在东南沿海地区以及内陆经济较发达地区,集聚现象尤为明显。影响我国产业集聚的因素有很多,知识产权保护因其对技术创新的激励而成为其中之一。同时,由于我国经济发展的特殊性,市场化也对产业集聚造成了不可忽略的影响。但是,加强知识产权保护和推进市场化是否有利于提升我国的产业集聚程度,至今未有定论。学术界对知识产权保护和市场化的研究很多,但这些研究普遍关注的是两者对经济增长的促进作用,忽略了对经济活动区位选择的影响。而将知识产权保护、市场化与产业集聚纳入到统一分析框架内进行系统阐述的研究,目前较少。本文在空间经济学的框架内构建了一个统一的理论模型,系统阐述了知识产权保护和市场化对产业集聚的影响机制。理论分析表明：第一,加强知识产权保护能够增加区域内企业研发收益,从而促进创新集聚,企业在知识外部性的影响下形成空间集聚,完全的知识产权保护时出现最高的产业集聚水平；第二,提高市场化水平,有利于增强企业的市场接入性,提升区域内企业经营效益,企业为追求利益最大化而产生集聚,完全的市场化时出现最高的产业集聚水平；第三,随着知识产权保护强度和市场化水平的提高,社会福利变化趋势呈现不确定性,地区间社会福利水平差距加大,就整个经济体而言,完全的知识产权保护和市场化并不一定是社会福利水平最优的。基于理论研究的结果,本文选取1997-2009年中国30个省市自治区的统计数据对理论模型进行回归分析。回归结果表明,我国知识产权保护和市场化促进产业集聚程度的提高,与理论模型的分析结果一致。