西医的引入对中医产生了巨大冲击,并且这种冲击持续至今,但关于中西医的矛盾,多数人认为中医不符合现代科学的规范,是伪科学。之所以出现这种局面,是因为西医秉承西方科学的思想传统,以还原论为主要的方法,通过层层还原来认识事物本质,而中医则以《黄帝内经》为源头和理论基础,建基于天文、地理、人学及哲学,其特点是以整体观的思想看待医学,这与20世纪中后期的整体论不谋而合。并且在20世纪中后期,整体论的提出以及在科学界的运用,形成了一种新的科学发展趋势,尽管还原论在实践中运用仍十分广泛,但整体论对还原论的批判以及整体论在量子力学、混沌科学以及系统科学取得的成果有着不言自明的影响力。本文通过对整体论核心观点及其发展现状的分析,进一步挖掘中西医矛盾的根源,并提出未来医学的发展方向势必走向整体论与还原论的融合,中西医的融合。首先,本文对中医的思想特征进行论述,其中以具有代表性的五运六气学说、阴阳学说、五行生克制化、以及《神农本草经》的取类比象思想为核心,展现中医在思维方式上与近代西医的根本不同,这些内容都是中医里的基础部分,这种整体性的思想既包含天、地、人三才,也指人身气与形,具有高度的概括性,分散开来涵盖的范围也非常广,博大又精微,使得在实际运用中非常具有难度,所以无法像西医那样通过还原来呈现精确、标准的效果,比如五运六气学说有具体演算过程,它不像数理分析那样通过精确计算就能得到准确结果,因为自然变化规律影响因素多样,它强调“不以数推,以象谓之”,这也从侧面反映了五运六气学说整体性之强,具有部分相加之和以外的力量,一旦将五运六气理论完全掌握,就可以不借助仪器等中介达到断人生死的效果。之后本文阐述了近代西方科学有分析与还原、数理化等特征,进一步介绍这些特征的背景、含义以及发展情况,还有其在现代面临的困境。近代西方医学的特征从根本上与西方科学一致,走还原论的发展道路,注重生命现象的实验观察、解剖分析以及生理的理化分析,以及还原论的缺点。与此同时,近代西学东渐后的中西医矛盾,主要涉及中医概念的形而上学性,如元炁、三魂七魄、三焦、经络的难以证实其存在,无法用科学手段进行检测,以及中医望闻问切诊断标准的模糊性、中医病位及治疗部位的不对应性。到了现代,在系统科学影响下,西医发展出了整体论思想,如大脑功能网状结构、更多的综合征被提出以及全身性疾病发现了免疫学的整体观等,都在表明未来医学走向整体。基于现代整体性思想的中西医融合与未来医学发展,中西医融合不仅已从实践层面走向融合,理论层面的融合也在发生,只是理论层面的融合势必涉及中西医两种医学最基本的概念无法完全通约,容易产生理论之间的混淆,需要对两种概念的不可通约性重视起来,正视起来,再寻求解决之道。