基于隐马尔可夫模型的G蛋白偶联受体预测的研究

来源 :福建农林大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:abuqifuni
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
G蛋白偶联受体(G-protein coupled receptor,GPCR)由一条7次穿插细胞膜的多肽链组成,属于人体内最大的膜受体蛋白家族。G蛋白偶联受体作为常见的药物靶向分子,通过与信号分子结合激活G蛋白来完成细胞信号的传递。该类受体的功能失调与多种疾病相关联,因此深入研究G蛋白偶联受体对细胞的信号转导机制及新药的开发都有重要意义。目前已知的G蛋白偶联受体序列少于人类基因组所能编码出来的该类蛋白序列,因此挖掘新的GPCR作为候选药物靶标还有很大发展空间。传统实验方法确定GPCR代价高且效率低,因此基于生物信息学计算方法对GPCR家族分类进行预测具有重要研究意义和应用价值。  本文研究了GPCR序列的数据特性,采用隐马尔可夫模型(HMM)构建了人类GPCR家族分类的预测模型。针对HMM的Baum-Welch训练算法易陷入局部极点值的不足,考虑到粒子群优化算法较强的全局寻优能力,提出将具有多加权系数的自适应粒子群优化算法(MAPSO)引入到HMM的训练中,优化HMM的参数。实验结果表明,改进的预测模型在敏感度、专一度及准确率上都有明显提高。  本文采用GPCRDB数据库中关于人类GPCR的五大超家族数据集进行实验,结果表明所提出的预测模型在GPCR家族的分类预测上取得了预期的效果。采用数据分类和k-折交叉验证方法对模型的敏感度、专一度和准确率进行评价,交叉验证结果表明,五大超家族的分类预测取得了较高的平均精度。通过与多种方法进行比较,所提算法进一步改进了G蛋白偶联受体超家族的分类预测性能。本文在最后提出了关于GPCR亚家族预测的HMM计算降维方法等进一步的研究方向。
其他文献
  为研究喷头压力对水量分布模型的影响,以低压均匀喷洒喷头为例,对其进行水力性能试验,通过计算矩形组合不同压力下的喷灌均匀系数 CU 和分布均匀系数DU,探索喷头压力对水
会议
硅材料不仅是目前太阳能电池的主要成分,而且有着成为新一代锂离子负极材料的潜力,而太阳能电池生产过程中的硅废料大多当做废弃物被处理,废料主要成分是硅粉和碳化硅,如果能
  旋转式喷头在低压下工作,虽然可以降低灌溉系统的能耗,但会引起喷灌均匀性的下降.采用变转速技术,使喷头旋转一周时,整个喷洒域出现 “慢速-快速”交替现象,这样既保证喷
会议
  为测定微喷头安装高度对水量分布的影响,选取流量稳定的单向射流旋转式微喷头(WPX90-250),测定其水力性能、绘出在3 种不同安装高度下3 种压力水头的水量分布.根据水量分布
  为了深入探索全射流喷头水滴分布的存在规律,采用激光雨滴谱仪测量技术(LPM)对喷头的喷洒水滴速度、直径及分布参数进行测量,采用体积加权法对水滴分布进行统计分析,总结全
会议
  山丘区地形坡面角度对微喷头的水力性能有重要影响.在本文中作者模拟了5°、10°、15°三种坡面角度下WPX60-200 型微喷头的运行,测定微喷头的压力-流量关系、射程、喷洒
太阳能是人类取之不尽,用之不竭的可再生能源。近年来对太阳能电池材料的研究已经成为热点。它具有方便大面积制备和生产成本低及设计简便等优点。此外以有机染料敏化分子做电池原料可以降低环境污染,还可以缓解资源的浪费。正是由于染料敏化太阳能电池采用了光电转换的原理有效的利用了可再生资源--太阳能,因此具有很好的发展前景。本论文以1-茚酮为原料,经过聚合反应合成三聚茚,再经过硝化,还原,重氮化,乌尔曼等反应合
  本研究对北京市顺义地区冬小麦进行大田微喷带灌溉试验,试验设置了3 个灌水量(135、157.5 和180mm),每个灌水量下设3 个不同施氮量(150、225 和300kg/hm2),共9 组试验处理.
会议
  本研究对北京市顺义地区冬小麦进行大田微喷带灌溉试验,试验设置了3 个灌水量(135、157.5 和180mm),每个灌水量下设3 个不同施氮量(150、225 和300kg/hm2),共9 组试验处
会议