水貂脾脏cDNA文库构建及MuLu-DRA基因克隆与多态性分析

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主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)是脊椎动物中发现的编码组织相容性抗原的高度多态、紧密连锁的基因群,在免疫应答中起重要作用。由于其在动物抗病性能上发挥着重要作用,成为人类及畜牧业发展中的一个重要的研究课题。水貂是我国毛皮动物饲养的主要品种之一,水貂皮是高档裘皮,在我国已有50多年的养殖历史。毛皮动物养殖的关键因素是疾病的预防,而通过免疫来达到这一目的是最有效的手段之一。但目前对水貂免疫机制等方面的研究还比较薄弱。本研究通过构建cDNA全长文库,为水貂的功能基因的克隆、分析奠定基础;通过对水貂MuLu-DRA基因的克隆及多态性分析,为进一步研究水貂的群体进化、抗病相关候选基因的克隆提供理论数据。(1)本研究通过SMART(Switching Mechanism At 5’end of the RNA Transcript)技术构建了美国短毛黑水貂脾脏全长文库。大肠杆菌XL1-Blue平皿测定和PCR鉴定表明,所构建的文库库容为1.07×109pfu/ml,重组率为91.1%,达到了用于目的基因的分离筛选及克隆表达的建库要求。(2)首次克隆了水貂主要组织相容性复合体基因MuLu-DRA的全长cDNA序列。得到了全长765bp的cDNA全长序列,共编码254个氨基酸,将得到的序列与其他动物进行比对,结果发现水貂的MuLu-DRA基因与狗、猫、海驴、人、猕猴的核苷酸同源型分别达到97%、93%、93%、89%、88%,并构建了物种同源性发育树;氨基酸同源性分别达到96%、90%、93%、85%、85%。应用分子生物学软件对推导的氨基酸进行分析,结果表明,蛋白质的分子量为29KD,等电点约为4.8,二级结构表明该蛋白质为混合性蛋白质,其中α螺旋占38.6%,β片层占29.5%,Turn(转角)占17.3%,Coil(无规则卷曲)占14.6%。(3)对6个水貂群体MuLu-DRA*exon2进行了PCR-SSCP分析,共出现6种基因型,分别为AA、BB、CC、AB、BC、AC,说明MuLu-DRA*exon2基因共由三个等位基因A、B、C控制,说明MuLu-DRA*exon2序列进化较为保守,多态性不高。计算了等位基因频率、遗传杂合度、多态信息含量、遗传距离。构建了6个水貂群体的NJ聚类图,丹麦红眼白水貂先是与咖啡水貂聚在一起,然后再与金洲水貂聚在一起,珍珠水貂与银蓝水貂单独聚为一组,最后再与美国短毛黑水貂聚在一起。说明丹麦红眼白水貂、咖啡水貂、金州水貂这三个品种遗传关系较近,银蓝色水貂和珍珠水貂遗传关系较近,能正确反应我国目前饲养水貂种群的遗传关系。进行了MuLu-DRA*exon2多态性与血液指标的相关研究,结果表明基因型与血液指标均不相关;品种是影响WBC数量的重要因素。
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