我国2013年修订的《商标法》引入商标侵权惩罚性赔偿制度,2020年修订的《著作权法》、《专利法》以及2020年颁布的《民法典》均确立了侵犯知识产权的惩罚性赔偿制度,知识产权侵权惩罚性赔偿制度得以全面确立。由此探讨知识产权领域惩罚性赔偿制度的适用就成为必要。《商标法》作为先行者,惩罚性赔偿制度已实施近八年,具有较为丰富的实务经验。在商标侵权惩罚性赔偿制度的基础理论和司法实践的基础上对该制度的适用的针对性探讨,对探索完善该制度的适用路径以及为知识产权其他领域提供经验参考和借鉴有着重要意义。《商标法》对于惩罚性赔偿制度的规定存在着以下几方面的问题,影响着其适用:一是商标侵权惩罚性赔偿制度的适用条件不够清晰,在司法实践中缺乏统一认定标准;二是商标侵权惩罚性赔偿的计算基数难以确定,实际损失、侵权获利和商标权许可费倍数三种赔偿方式难以计算;三是惩罚性赔偿制度与法定赔偿制度的适用关系不清晰,法定赔偿是否具有惩罚功能以及法定赔偿能否作为惩罚性赔偿的计算基数一直存有较大争议。在商标法上,侵权惩罚性赔偿是一种私法性质的赔偿责任,其发挥的功能包括补偿、惩罚、遏制、预防、激励等。惩罚性赔偿的性质和功能决定了其计算范围主要包括因侵权行为导致权利人的利润损失、权利人成本的增加而带来的利润损失和商誉损失三类补偿性赔偿以及其一定倍数的惩罚性赔偿。惩罚性赔偿与法定赔偿之间应该是平行关系,如果将法定赔偿作为惩罚性赔偿的基数,则难免造成怠于举证仍能获得惩罚性赔偿的不良后果,况且法定赔偿虽然产生之初是作为补偿性赔偿的替代方法,但历经实践,其赔偿额的确定也涵盖了恶意和情节严重要素,从而使其具备了惩罚性。我国裁判经验表明:惩罚性赔偿在认定恶意时主要结合重复侵权、当事人之间的关系和商标知名度等来考察,认定情节严重主要从侵权行为的恶劣程度、对权利人和公众造成的损害结果来考量;惩罚性赔偿基数的确定采用灵活多样的计算方法,并适当进行推定;法定赔偿考量主观过错彰显惩罚性因素,以提高赔偿金额发挥惩罚功能,无法作为惩罚性赔偿的基数。商标惩罚性赔偿制度实施的国外实践经验表明:域外国家惩罚性赔偿的适用条件以故意侵权且造成损失为主,计算基数没有适用顺位限制可由当事人自主选择,法定赔偿可在特定条件下发挥惩罚性功能且不可作为惩罚性赔偿的基数。商标侵权惩罚性赔偿制度在适用中宜明确程序的启动应由当事人申请,将“恶意”的含义解释为“故意”,与“情节严重”并用作为实体适用条件;应改变顺位规则的适用,采用灵活的计算方法,设定合理的举证责任分配降低证明标准确定惩罚性赔偿基数;法定赔偿兼具惩罚功能,与惩罚性赔偿不可并用,并进一步完善分立模式下二元损害赔偿体系。