鮈亚科Gobioninae鱼类隶属于辐鳍鱼纲Actinopterygii、真骨鱼部Teleostei、骨鳔总目Ostariophysi、鲤形目Cypriniformes、鲤科Cyprinidae,包括30属201种,主要分布在东亚。关于鮈亚科鱼类的系统发育位置,形态与分子证据的研究间没有取得一致的结论,但是分子证据的研究均强烈支持鮈亚科、鱊亚科Acheilognathinae、丁鱥亚科Tincinae、雅罗鱼亚科Leuciscinae与Oxygastrinae亚科鱼类形成单系群,但是这些亚科间鱼类的关系没有解析清楚。关于鮈亚科鱼类属间系统发育关系,基于形态学证据的研究主要是对鮈亚科鱼类进行了大类群的划分,然而没有取得个一的结论。基于分子证据的研究强烈地支持‘(?)属Hemibarbus+银鮈属Squalidus’谱系以及鮈族Gobionini是单源群,然而鲸族Sarcocheilichthyini鱼类的单系性则缺乏统计支持度。因此,本论文聚焦于解析鮈亚科鱼类的系统发育关系亟需解决的两个问题：1)鮈亚科在鲤科鱼类中的系统发育位置。2)鮈亚科鱼类内部各属之间的系统发育关系。本研究基于线粒体基因组全序列与核基因多位点的分子证据,重建了鮈亚科鱼类的分子系统发育关系。主要研究结果如下：1、鮈亚科鱼类的系统发育位置基于12个核基因的多位点证据,重建了鮈亚科、鱊亚科、丁鱥亚科、雅罗鱼亚科、Oxygastrinae亚科鱼类之间的系统发育关系。结果表明：基于核基因联合数据集的最大似然法分析和贝叶斯分析,得到了相同的拓扑结构(图2-1)。结果表明：1)支持鮈亚科为单源群；2)鮈亚科与鱊亚科鱼类形成姊妹群关系,它们一起是丁鱥亚科丁鱥属Tinca鱼类的姊妹群；3)雅罗鱼亚科与丁鱥亚科唐鱼属Tanichthys鱼类形成姊妹群关系,它们一起是鮈亚科+鱊亚科+丁鱥亚科丁鳞属鱼类的姊妹群；4)鮈亚科、鱊亚科、丁鱥亚科与雅罗鱼亚科鱼类一起是Oxygastrinae亚科鱼类的姊妹群。2.基于线粒体基因组全序列的鮈亚科鱼类属间系统发育关系基于线粒体基因组全序列证据,本研究重建了鮈亚科鱼类属间系统发育关系。结果表明：1)鮈亚科鱼类可分成3个谱系：‘(?)属+银鮈属’谱系位于基部,鲸族与鮈族鱼类形成姊妹群关系；2)‘(?)属+银鮈属谱系’包括(?)属与银鮈属；3)在鰁族内部,‘麦穗鱼属Pseudorasbora+扁吻鮈属Pungtungia+拟扁吻鮈属Pseudopungtungia’鱼类一起形成单系群,它们一起与吻鮈属Rhinogobio鱼类形成姊妹群关系；鳈属Sarcocheilichthys与似刺鳊鮈属Paracanthobrama鱼类形成姊妹群关系,它们一起是‘颌须鮈属Gnathopogon+鮈鲫属Gobiocypris+高丽雅罗鱼属Coreoleuciscus’鱼类的姊妹群；4)在鮈族内部,铜鱼属Coreius鱼类位于基部,平口鮈属Ladislavia鱼类位于次基部,鮈属鱼类与所有保留的鮈族鱼类形成姊妹群关系；鳅鮀属Gobiobotia与异鳔鳅鮀属Xenophysogobio鱼类形成姊妹群关系,它们一起是小鳔鮈属Microphysogobio、琵琶鮈属Biwia、突吻鮈属Rostrogobio、胡鮈属Huigobio、片唇鮈属Platysmacheilus、以婀属Pseudogobio、棒花鱼属Abbottina与蛇鮈属Saurogobio的姊妹群。3.基于核基因多位点证据的鮈亚科鱼类属间系统发育关系基于15个核基因的多位点证据,本研究获得了解析清楚的鮈亚科鱼类属间系统发育关系。结果表明：1)鮈亚科鱼类可分成4个谱系：‘(?)属+银鮈属’谱系位于基部,鳈族与鮈族鱼类形成姊妹群关系,它们一起是‘铜鱼属+吻鮈属’谱系的姊妹群。2)(?)属-银鮈属谱系内部,似(?)属嵌套在(?)属内部,它们一起是银鮈属鱼类的姊妹群；3)‘铜鱼属+吻鮈属’谱系包括铜鱼属和吻鮈属；4)在鲸族鱼类内部,颌须鮈属是鮈鲫属鱼类的姊妹群,它们一起位于基部,‘扁吻鮈属+拟扁吻鮈属+麦穗鱼属’以及‘鲸属+高丽雅罗鱼属+似刺鳊鮈属’鱼类各自形成单系群,它们相互之间形成姊妹群关系；5)在鮈族鱼类内部,平口鮈属鱼类位于基部；鮈属与罗马诺鮈属鱼类形成姊妹群关系,它们一起位于次基部；鳅鮀属与异鳔鳅鮀属鱼类形成姊妹群关系,它们一起与所有保留的鮈族鱼类形成姊妹群关系；‘小鳔鮈属+突吻鮈属+琵琶鮈属+片唇鮈属’鱼类-起形成单系群,它们一起是胡鮈属鱼类的姊妹群；‘小鳔鮈属+突吻鮈属+琵琶鮈属+片唇鮈属+胡鮈属’鱼类一起是棒花鱼属鱼类的姊妹群,它们一起与蛇鮈属鱼类形成姊妹群关系；小鳔鮈属、突吻鮈属、琵琶鮈属、片唇鮈属、胡鮈属、棒花鱼与蛇鮈属鱼类一起是似鮈属鱼类的姊妹群。综上所述,本论文基于线粒体基因组全序列和核基因多位点分子证据：1)确认了鮈亚科鱼类是单源群,姊妹群为鰇亚科；2)较好地解析了鮈亚科鱼类属间系统发育关系。本研究为进一步开展鮈亚科鱼类系统学与生物地理学研究奠定了基础,并将推进鲤科鱼类系统学研究的进展。