近年来,随着电子政务的迅猛发展,电子政务已成为推动行政体制改革、提高政府办事效率、促进服务型政府建设和提升政府公共服务质量的重要工具。为此,国内各级政府部门纷纷启动大量的电子政务工程项目,而这些政府信息化工程项目建设与应用的成效如何也成为各级政府、社会公众和学者们所共同关心的热点话题,部门信息化绩效审计已经成为提高政府部门信息化以及电子政务发展成效的管理手段。因此,如何科学合理地针对政府部门的信息化建设项目开展绩效审计成了部门信息化绩效管理亟待解决的一大课题。本文首先通过理论研究,系统地阐述了政府部门信息化建设、绩效审计、政府绩效审计的概念、内容和特征,分析了政府绩效审计与绩效评估和财务审计的关系；然后,通过分析政府部门信息化建设项目绩效审计的内容和主要模式,重点提出基于目标导向的政府部门信息化建设项目绩效审计模式；接着,基于平衡计分卡理论,从设计理念、改进设计和标准化设计三个方面进一步研究了政府部门信息化建设项目绩效审计的指标体系构建；最后,以本人参加的两个项目《合肥市住房公积金管理中心信息化绩效审计研究》和《合肥市交警支队信息化绩效审计研究》为案例,分析其审计模式,并通过对比总结,提出建立一个可以持续滚动的、通用的信息化建设项目绩效审计模式,用以支持政府信息化主管部门定期开展绩效审计工作,增强其绩效管理水平,促进政府部门信息化可持续发展。