裁判者对事实的认识能力无法满足某些特殊案件的需要使得鉴定人介入诉讼具有必要性和不可避免性。两大法系国家在相互借鉴的过程中,出现了相互融合的趋势:大陆法系国家在坚持职权主义的前提下,努力增强程序的对抗性和当事人对程序的参与性;英美法系国家也在逐步增强法官对程序的控制,弱化对抗,提高诉讼效率。完善我国刑事司法鉴定程序应当坚持正当程序原则和价值平衡原则,应当在发现案件事实真相和保证诉讼效率之间保持平衡。我国司法鉴定启动模式的选择要关注两大法系的改革动向,注重诉讼效率的提高,注重强化法官对诉讼程序的控制,我国传统的司法官启动模式应当保留。在这一启动模式之下,立法应当对启动司法鉴定程序的条件做出科学的规定:应当强调启动司法鉴定程序的“专业性”、“必要性”和“现实可能性”。司法鉴定启动程序涉及是否需要启动司法鉴定程序、鉴定人的选任以及确定需要鉴定人鉴定的事项三个方面,这些过程中都应当赋予当事人充分的参与权,通过当事人的参与来割断法官与鉴定人、鉴定人与案件利益之间的联系,确保鉴定人的中立性和法官不会过分信任鉴定人;赋予当事人聘请自己的专家或者鉴定人的权利,以实现控辩双方“平等武装”、“平等对抗”。在具体的程序设计上,可以将可能影响即将做出的鉴定意见的证据能力的相关问题先予以审查。完善我国鉴定意见的质证和认证程序,应当强化质证权的保障措施,规范质证程序,明确质证的相关法律后果,规范法官的认证行为。鉴定意见作为一种科学证据,是鉴定人利用其专业知识对鉴定材料进行分析之后得出的结论,其同样存在着瑕疵或者错误的可能。对鉴定意见救济应当从补充鉴定、重新鉴定以及对鉴定意见通过第二审程序和审判监督程序审查三个方面进行。补充鉴定一般仅限于鉴定意见形式上存在瑕疵的情形。重新鉴定以其启动原因的不同,可以大概分为因证据能力缺乏而做出的重新鉴定和因证明力有疑问而做出的重新鉴定两类。对因证据能力缺乏而做出的重新鉴定,不应当进行次数上的限制;对因证明力有疑问而做出的重新鉴定应当进行次数限制,以一次“有效的”重新鉴定为宜。在鉴定意见发生冲突的情形下,由法官根据庭审质证采用“普遍认同方式”来决定采信鉴定意见与否,以实现实体公正与诉讼效率的平衡。鉴定意见作为法定的证据形式,原审人民法院对鉴定意见的审查意见理应受到上一级人民法院的司法审查。上一级人民法院对鉴定意见的审查同样应当从鉴定意见的证据能力和证明力两方面进行。通过审判监督程序对鉴定意见存在的错误进行纠正,应当区分证据的证据能力和证明力。对生效判决依据的不具有证据能力的鉴定意见,应当启动审判监督程序进行纠正;对证明力可能存在的错误,启动审判监督程序应当受到严格的限制,除非有新的更加可信的鉴定方法、手段证明原鉴定意见存在错误,否则不允许以鉴定意见的科学性存在错误为由启动审判监督程序,以维护法律确定的社会关系的稳定。