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分子生态学是分子生物学技术应用于生态学与种群生物学领域的产物，每一项分子生物学技术的出现都会带来分子生态学的进步。在众多现代分子生态学研究工具中，微卫星DNA标记系统是最成熟，高效且适合于长期海洋鱼类群体生态学研究的工具之一。虽然个别微卫星DNA标记位点背离理想标记性质的特性会影响其表现，但通过缜密的检测步骤后选择的一套合适微卫星标记能够对目标群体的各项指标做出准确测度。花鲈是栖息于中国沿岸水域的鱼类。大量中国沿岸野生鱼苗被捕获，贩卖并进行养殖。其遗传资源的可持续利用急需科学的管理。本研究为了客观的对花鲈资源状况进行评估而开发微卫星引物。我们在构建的花鲈的基因组微卫星DNA富集文库中，分离出22个位点并在35个中国沿岸花鲈个体上进行了检测。22个位点上等位基因数由3到23，期望杂合度由0．111到0．938。22个位点均不受选择并相互独立。但两个位点上的基因型分布偏离HWE。针对花鲈微卫星DNA位点开发中出现的阳性克隆率低的问题，我们在金鱼微卫星DNA标记筛选的碱洗脱后步骤后，增加一步更严谨的热洗脱步骤。经检验，洗脱产物中包含的阳性克隆率显著高于传统步骤（P=0．0003）。另外，我们尝试提高DSPT微卫星DNA标记开发的效率。（TC）6（AC）5和（AC）12B分别搭配EcoR I引物对同一克隆进行PCR检测的产物信号强度差在内侧微卫星DNA重复数n=5和n＞5划分的两组间差异显著（P=0．0036）。二者信号强度差可作为控制内侧微卫星DNA重复数目的有效标准。在22个开发的微卫星DNA标记中，19个能够应用于花鲈与日本鲈的群体遗传分析。所有8个群体样本利用这19个标记对等位基因数和期望杂合度进行了测度。19个微卫星DNA标记对8个群体样品进行分配模式检验发现，大部分花鲈（93．8-98．8％）与日本鲈（90．9-94．6％）能够准确的分入相应的遗传群中。瓶颈检验发现花鲈经历过因过量捕捞或（和）冰期导致的瓶颈事件（P=0．00357）。花鲈群体样本间配对FST（0．01 9-0．029）和日本鲈群体样本间配对FST（0．003-0．021）显著小于花鲈与日本鲈群体样本间的配对FST（0．076-0．101），花鲈与日本鲈群体样本间Nei氏遗传距离（0．326-0．450）显著大于花鲈群体间（0．123-0．145）和日本鲈群体间（0．055-0．123）的Nei氏遗传距离。花鲈与日本鲈群体样本间平均配对FST为0．075，样本间变异占样本总变异的7．16％。花鲈与日本鲈有穿越其栖息地间地理间隔的迁移能力，出现的分化说明中日水域间存在其他基因交流屏障。对花鲈与日本鲈样品单独进行分配模式检验发现，舟山群体、有名海群体、东京湾和石川县样品中的个体被分入不同遗传群。花鲈与日本鲈可能在这些地点进行聚集。用23个微卫星DNA标记分析了2000年前后北海、威海和舟山（A组）及2006年烟台（B组）花鲈地理群体遗传结构。A组群体期望杂合度相似，有轻微遗传分化，属同一自由交配群；组内及威海和北海群体内存在瓶颈事件。B组群体Nei氏期望杂合度、平均等位基因数相似，无遗传分化；B组群体与威海群体属同一自由交配群，表明山东半岛沿海花鲈遗传结构从2000到2006年没有明显变化。虽然花鲈与日本鲈群体多样性与遗传结构研究结果明确，但二者在朝鲜半岛南部水域出现的同域分布原因仍不明确。花鲈与日本鲈栖息区域很多海洋生物分布模式复杂。分析其形成过程需要对混合的种群分化原因进行解析，并了解该区域海陆演化历史。江豚对海洋环境变化的直接响应，对小规模扰动的抵御能力和与沿岸内水生活特性使其能够准确记录栖息区域的生物地理学事件。中日沿岸与长江水域江豚群体中，单倍型C分布最广，出现最多，最为古老。中日沿岸与长江水域江豚群体的NCPA分析发现，带有C单倍型的古老种群分别在日本群岛太平洋沿岸区域，日本南部岛弧后边缘海沿岸区域和长江流域分化出包含新单倍型的独立群体。NCPA还发现，栖息于有名海-立花湾和黄海水域的群体与外界存在的基因交流障碍，解释了这两个区域较高的核苷酸多样性和单倍型多样性的成因。祖先种群与这两个区域的种群的分化原因在本研究中无法得到。虽然本研究仍然无法明晰花鲈与日本鲈群体复杂的分化模式成因。但本研究的结果与将来其他领域相关的研究结果整合后，对西北太平洋边缘海水域海陆演化历史背景的明确描绘。将为该区域复杂的海洋生物分化模式成因提供解释依据。