“民以食为天，食以安为先”，食品的质量安全问题关系到每个人的身体安康，时时刻刻牵动着每个人的神经。在我国国内食品质量安全问题的频繁爆发，同时也造成了非常恶劣和悲惨的结果，甚至可以用触目惊心来形容。基于此，我国政府部门高度重视食品的质量安全，食品生产企业也在竭尽所能提高食品的质量安全。解决我国食品质量安全问题需要充分借鉴国内外食品行业的发展经验，又要结合国内食品行业发展的的独特性。在此背景下，本文运用博弈论、激励理论、委托－代理理论、契约理论、模糊综合评价分析法等理论和方法，结合国外先进经验和研究成果，依据我国实际情况，以食品的质量安全为主线，主要从供应链的视角研究食品的质量安全，以食品生产（加工）企业作为食品供应链上的核心企业，从供应连内部着手，以核心企业为研究对象，为实现食品质量安全和食品供应链整体效益，进行基于质量安全的食品供应链合作伙伴选择和激励机制设计方问题研究。本文先对基于食品质量安全的供应链中的相关概念和术语进行了界定，接着分析了食品供应链的相关企业及其关系，阐述了与研究相关联的理论基础，为后续基于食品质量安全的供应链中食品生产（加工）企业对合作伙伴进行选择、激励、控制奠定基础。在基于食品质量安全的供应链中食品生产（加工）企业对合作伙伴进行选择的分析探讨过程中，将各合作伙伴对食品质量安全的影响作为主要的考虑因素，通过设置食品供应链内生产商对合作伙伴选择的评价指标体系，建立模糊综合评判方法对食品供应链合作伙伴的质量安全竞争能力进行评判，以选择合适的供应商。然后以肉制品生产（加工）企业选择供应商（即家禽饲养企业）为例，检验指标体系和评价方法的可行性及实用性。在食品供应链中，食品生产（加工）企业对合作伙伴进行激励与监控是防止道德风险、保证食品安全的有效途径。本论文主要以生产（加工）企业为主体，分别对各级供应商提供信息可靠性和各级经销商的经销力度进行了激励机制设计研究。在对供应商提供信息真实性的激励机制设计的过程中，按照信息的不完全性，分别从完全信息和不完全信息两种情况研究激励机制设计。在促进经销商提高销售努力程度的激励机制设计的过程中，分别从区分和不区分代理商的销售水平两种情况研究激励机制设计。