16世纪以来,科学系统持续进化的过程令世界心生敬畏。科学为什么会持续不断的进化?文章对现代西方科学系统持续进化的原因进行客观性探索,发现其进化的原因在于作为系统序参量的数学化表征在持续不断的进化。从科学系统的共时结构来讲,科学的共时结构分成为数学化表征、哲学本体论承诺和发现型实验3个不可通约的子系统,其中数学化表征作为系统的序参量。从突破亚里士多德的物理学体系开始,伽利略将数学作为描述自然界单纯的定量化手段,这一思想的突变奠定了现代科学体系的一般范式。牛顿按照这一范式持续前进,用数学来描述自然原理,完成了将开普勒的太阳系空间和伽利略地上空间进行整合的第一次物理学体系的建构。从科学系统的历时进化来看,数学的进化历经三个阶段:直觉主义、逻辑主义和形式主义。与数学进化的三个阶段对应的物理学的进化,则分别是直观主义、经验主义再到理性主义。牛顿力学是直观主义的典范,其数学架构是欧几里德几何学;狭义相对论是经验主义的代表,闵可夫斯基空间是介于欧式几何和黎曼几何之间的一种伪欧式几何;广义相对论则是理性主义的化身,其数学架构是以张量空间为根基的黎曼几何。从欧几里德几何、闵可夫斯基空间再到黎曼几何,其数学进化的三个阶段清晰可见。量子力学的进化与相对论的进化遵循同样的规则。量子力学的直观主义阶段是薛定谔的波动力学,经验主义阶段的对应物是海森堡的矩阵力学,而理性主义阶段则是为规范场论奠定数学基础的杨-米尔斯方程。本文将这一能够描述科学系统持续进化的科学哲学称之为复杂性科学哲学,它以复杂性科学作为其科学背景,以黑格尔的精神现象学作为其哲学背景,以若干不可通约的子系统之间的复杂性关系作为切入点,探索其复杂性关系。在科学系统内部充斥着种种复杂性关系,协同性仅仅是其中的一种而已,还有超循环理论、混沌学、分形几何学,等等,它们都可以用来描绘科学内部的复杂性关系。在复杂性科学哲学体系之中,历史上曾经出现的学术流派的区别在于选取的序参量不同。逻辑实证主义选取哲学的本体论承诺作为序参量,理性批判主义选择的是发现型实验,历史主义学派选取的是时间,社会建构学派选取的则是信念,唯独数学没有被谈及,本文则是将数学作为科学系统的序参量加以阐释,为21世纪科学哲学的新发展贡献了一种全新的视野和思路。