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杂交可以利用基因间的上位效应和互作效应建立杂种优势,利用杂种优势,可以提高畜禽生产性能和经济效益。杂交育种是培育畜禽新品种的主要途径,通过选育性状优良的品种、品系和个体进行杂交,选育出符合育种要求的杂交品种。通常采用杂交来提高畜产品质量,提高生产效率。在肉鸡育种模式中,杂交育种的方式更是常见。通过不同肉鸡品种间的交配繁殖,产生新的品种,从而产生巨大的经济效益。动物的肠道内含有大量的细菌和少量的其他微生物,如真菌、古细菌和病毒等。其中,肠道微生物的组成部分细菌占99%,这些微生物与宿主的健康和疾病密切相关。肠道正常菌群种类、数量、比例的改变可以显著影响肠道的适应性免疫应答。鸡肠道微生物的生长定植受到日龄、饲粮、饲料添加剂和环境等多种因素的影响;不同遗传背景鸡的肠道微生物有差异,但杂交对肠道微生物多样性的影响研究较少。本研究以地方鸡种杂交选育为切入点,选用5个纯系为亲本进行杂交,获得5个杂交子代群体,各个群体鸡在同一营养水平和饲养管理方式下,70日龄屠宰,测定屠宰性能数据;对各群体盲肠内容物DNA样品进行16SrRNA测序。研究结果如下:(1)杂交对鸡屠宰性能及肉品质的影响:B_3是屠宰性能最好的群体。从体重相对生长率来看,A_4、B_3、AB_3A、A_2B_2A、A_2B_3A群体较好;在屠宰率、半净膛率和全净膛率中,A_4、B_3、A_2B_3A、A_4B_3A群体的性能较好;所有群体的屠宰率均大于90%;半净膛率中,A_2B_2A群体为74%;其他群体均大于90%,全净膛率均为60%～70%;本试验中所有的群体均具有良好的产肉性能。在翅膀重、胫爪重、胸肌重(率)、腿肌(率)中,A_2、A_4、B_2、B_3、AB_3A群体的性能更好。所有群体的pH均在5.5～5.75之间,肉呈弱酸性;A_4、AB_3A、A_2B_3A群体的嫩度更大,B_3、A_2B_2A、A_4B_2A的蒸煮损失率最小;A_2、B_2、A_2B_3A群体肉色更加鲜红,肉品更加新鲜。A群体的肉色更好看,从胴体美观度中,可看出A、A_4和B_2群体的美观度比其他群体高。(2)杂交对鸡肠道微生物多样性的影响:在门水平上盲肠微生物相对丰度比较中,优势菌群分别为拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)。在科和属水平的盲肠微生物相对丰度比较中,A_4、B_3、AB_3A、A_2B_3A群体肠道微生物丰富度较高。在科水平上的盲肠微生物群落相对丰度热图中,B_3、A_2B_2A、A_2B_3A群体拟杆菌门丰度高、厚壁菌门丰度低;在属水平上的盲肠微生物群落相对丰度热图中,B_3、AB_3A、A_2B_2A、A_2B_3A拟杆菌门丰度高、厚壁菌门丰度低。科水平上差异物种相对丰度前10的菌群中,A、A_4、B_3、AB_3A群体中的盲肠微生物群落丰度高;COG分析可知,A_4、B_3、AB_3A群体的碳水化合物运输和代谢、氨基酸转运与代谢、能源生产和转换、无机离子转运与代谢、辅酶运输与代谢等功能基因相对丰度较高;从KEGG分析中可得,B_3、A_2B_2A、AB_3A群体新陈代谢、遗传信息处理、癌症功能基因相对丰度低,脂多糖生物合成功能基因相对丰度低,胃酸分泌、剪接体、补体和凝血级联、钙调素配体、胰腺分泌功能基因的相对丰度高。(3)A_4、B_3、AB_3A、A_2B_3A群体的屠宰性能和肉品质更好,肠道微生物丰富度较高;且拟杆菌门丰度高、厚壁菌门丰度低;碳水化合物运输和代谢、氨基酸转运与代谢、辅酶运输与代谢等功能基因相对丰度较高;群体癌症功能基因相对丰度低,脂多糖生物合成功能基因相对丰度低,胃酸分泌、胰腺分泌功能基因的相对丰度高。(4)父本对子代的影响;五个杂交群体在属水平的肠道微生物多样性相对丰度热图显示,A、B_3共同影响AB_3A群体,B_2对A_2B_2A的影响更大,A_2对A_2B_3A的影响更大,A_4对A_4B_2A的影响更大,A_4对A_4B_3A的影响更大。将几个群体进行同一父母系父本比较,得出父本对子代的菌群影响为:A_4