近年来我国自主创新能力发展迅速,但与发达国家还有较大差距,整体上的薄弱意味着我国在科技创新方面的发展仍任重道远。知识经济时代的创新节奏不断加快,昔日的行业巨头短时间内就可能被市场抛弃,企业必须具备核心竞争力才能得以生存发展,加快企业的技术创新成为企业长远发展的战略目标。随着我国对研发创新活动越来越重视,很多学者发现中小企业在研究与开发投入方面有很高的能动性优势,研发投入相对强度往往比大企业更高,但同样的研发强度产生的经济效益可能有较大差异,其中公司治理机制带来的影响不容小觑。股权结构是公司治理机制的基础内容,其对研发投入与企业绩效关系的影响值得我们做深入探讨,因此本文旨在通过实证研究来论证股权结构对研发投入与企业绩效关系的调节作用。实证结果表明:(1)研发投入强度对企业绩效有显著促进作用。(2)实际控制人性质、高管股权激励与研发投入显著正相关,而由于创业板上市公司股权较为集中的特点,股权集中度与股权制衡与研发投入负相关。(3)股权集中度、股权制衡、高管股权激励都负向调节了研发投入与企业绩效的关系,而最终控制人性质没有调节作用。基于实证的研究结论,本文提出了针对提高研发投入强度与调整股权结构两方面的政策建议。