在生物信息学中,序列、结构和功能是蛋白质研究的三大信息源。序列与结构之间的关系构成了蛋白质折叠问题。蛋白质折叠动力学参数的预测是蛋白质折叠问题中极具挑战性的研究课题。蛋白质折叠速率与序列预测的二级结构之间的显著相关性意味着折叠速率在很大程度上取决于氨基酸序列。我们提出了一种利用氨基酸的性质从序列预测蛋白质折叠速率的方法,它不需要任何二级结构预测和结构拓扑的信息。残基对折叠速率的贡献用残基的Ω值表示。对于一个给定的残基,Ω依赖于氨基酸的性质(氨基酸柔性和氨基酸对二级结构的倾向性)。我们的研究对最新双态蛋白质实验测定的折叠速率的相关性达到了82%,这意味着蛋白质的氨基酸序列是决定折叠速率和机理的重要因素。我们通过引入“折叠排斥势能”的概念构建了一种蛋白质折叠模型。即,假设蛋白质内的氨基酸残基之间存在着一种排斥力,它阻碍着蛋白质氨基酸序列中相隔较远的任意两个残基彼此靠拢到一个接触点。排斥势能越大,折叠能垒就越高,折叠速率就越慢。仿照分子间相互作用的Lennard-Jones模型和Morse模型来分别计算这种折叠势垒。对双态蛋白质、多态蛋白质和短肽进行计算的结果表明,“折叠排斥势能”与去折叠速率常数和活化自由能之间具有强相关性(相关系数高于0.80)。这意味着蛋白质结构中接触着的残基是影响折叠动力学的主要因素。拉氏构象图形象地标示出了蛋白质两面角Φ和Ψ的立体化学允许值。在拉氏构象图中,我们不考虑具体的二级结构分布,只计算所有(Φ,Ψ)到(0, 0)之间的总距离。进而,分析了总距离与折叠速率常数、去折叠速率常数和活化自由能的相关性(相关系数也高于0.80)。