鄱阳湖生态经济区是国家战略层面上的经济区域，也是引领江西省科学发展、绿色崛起、进位赶超的核心区域。在国际环境复杂多变、国内区域竞争日趋激烈的形势下，鄱阳湖生态经济区的建设与发展充满着无限的机遇，也面临着巨大的挑战。区域快速健康发展的着力点在于发挥地域特色、形成比较优势；而区域综合竞争力提升的动力支撑在于实施和完善区域创新、转变经济发展方式。“创新是一个民族进步的灵魂，是一个国家兴旺发达的不竭动力”。本文以鄱阳湖生态经济区为研究对象，以区内38个县级行政区域为研究单元,试图借助于系统科学——耗散结构理论来研究鄱阳湖生态经济区创新体系的建设和完善工作。在熵理论、耗散结构理论和区域创新体系理论研究的基础上，针对组成鄱阳湖生态经济区创新体系耗散结构的四个基本特征进行了分析和探讨。结果表明，鄱阳湖生态经济区创新体系具备典型的耗散结构特征：（1）鄱阳湖生态经济区创新体系与外界有着密切的物质、信息和资金的交换，它是一个开放的系统；（2）对地区生产总值综合指标、产业结构综合指标和高新技术产业综合指标等进行对比分析，表明鄱阳湖生态经济区及区内各个县（市、区）无论是在时间上还是在空间上都处于一种远离平衡态；（3）利用反证法，采用计算机辅助软件spss18.0对鄱阳湖生态经济区的高新技术企业综合经济指标及投入产出进行多元线性回归模拟分析，得出鄱阳湖生态经济区创新体系并不存在多元线性关系而是存在着多元非线性的作用；（4）通过对鄱阳湖生态经济区及区内县区地区生产总值10年间的增长率比较分析，证明了鄱阳湖生态经济区创新体系无论从整体上还是系统内部各单元之间存在反复涨落和突变。基于耗散结构特征，通过熵和耗散结构之间的相互关系分析，本文就对如何建设和完善鄱阳湖生态经济区创新体系提出了强化区域创新体系耗散结构开放性、远离平衡态、非线性作用和涨落突变四个基本特征的对策和建议，希望能为该区域的区域创新体系实践提供可供参考的依据和思路。