高等院校的科学研究是国家创新体系的重要组成部分,随着国家不断大幅增加经费投入,如何保证按时完成预期的科研目标,如何保证科研成果的高质量、科研投入的高效益受到了社会各界的广泛关注。尤其是教育部直属高校,作为我国高校科学研究的中坚力量,占据着大部分优势资源,其科研效率成为社会关注的热点。由于高校科研活动是一个多投入、多产出的复杂系统,而数据包络分析(DEA)方法不需预估权重、不需预设生产函数的具体形式,在涉及多指标投入和多指标产出的综合评价方面具有独特优势,这是其他方法所不具备的。因此本文将使用DEA方法通过构建能够体现评价者价值导向的多层次分类DEA模型,对教育部直属高校的科研效率展开相对客观、公正的评价。论文首先将介绍相关背景以及基本概念；接着介绍数据包络分析方法的基本思想与主要模型,并对相关研究文献进行梳理,总结现有文献研究的成果与不足之处；然后通过分析高校科研活动的特点,结合数据可获得性,构建评价的投入产出指标体系；在此基础上综合考虑现有DEA模型的不足,建立多层次分类DEA模型；运用不同的DEA模型结合教育部直属高校科研的相关数据进行实证分析,包括以年份为评价单元的动态分析和以高校为评价单元的静态分析；并根据分析结果提出结论；最后提出总结与展望。本文的创新之处包括以下两方面：第一,考虑到不同类型的学科之间在投入产出指标上存在着较大的差异,在构建评价指标体系时将指标分为自然科学和人文社会科学两个类别。第二,结合评价指标体系的特点,构建出多层次分类DEA模型,能够计算出高校不同学科类别各自的科研效率