【摘 要】
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目的:新治疗方式的运用和新药的研发虽然对食管癌患者预后有所改善,但食管癌患者的总体治疗效果仍较差。本研究拟通过生信分析方法筛选食管癌患者预后与诊断标志物,验证标志物在预后、诊断中的价值,并探索标志物影响食管癌患者预后的可能机制。方法:获取GEO数据库数据库存储的食管癌及癌旁组织基因表达数据利用生信分析方法快速找出差异基因。获取TCGA数据库存储的食管癌及癌旁组织基因表达数据及相应食管癌患者临床信息
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目的:新治疗方式的运用和新药的研发虽然对食管癌患者预后有所改善,但食管癌患者的总体治疗效果仍较差。本研究拟通过生信分析方法筛选食管癌患者预后与诊断标志物,验证标志物在预后、诊断中的价值,并探索标志物影响食管癌患者预后的可能机制。方法:获取GEO数据库数据库存储的食管癌及癌旁组织基因表达数据利用生信分析方法快速找出差异基因。获取TCGA数据库存储的食管癌及癌旁组织基因表达数据及相应食管癌患者临床信息,利用生信分析方法进一步筛选差异基因。利用TCGA食管癌差异基因表达数据及相应食管癌患者临床信息分析筛选的差异基因与食管癌患者预后和临床特征的相关性。进一步利用GSEA软件采用KEGG数据库对差异基因进行功能富集分析找出差异表达基因影响食管癌患者预后的可能机制。最后收集食管癌患者癌组织及癌旁组织行免疫荧光染色半定量差异基因在癌及癌旁组织表达量,初步验证生信分析筛选的差异基因。结果:由GEO数据库获取到28组食管癌组织和28组正常食管组织基因表达芯片数据,利用获取到的数据筛选差异表达基因,结果筛选出差异表达基因169个（差异倍数大于2,P＜0.01）。由TCGA数据库获取到160组食管癌组织和11组食管癌旁组织基因表达数据及相应患者临床数据,利用获取到的基因表达数据进一步筛选差异基因,结果筛选出差异基因80个（P＜0.01）。选择140例具有完善临床信息的食管癌患者临床信息数据及基因表达数据进行分析发现APOC1与食管癌患者生存时间、T分期、N分期相关（P＜0.05）,而与年龄、性别、M分期没有显著相关性（P＞0.05）。GSEA软件富集分析尚未发现APOC1与食管癌明显相关的功能通路,但是分析结果显示APOC1与免疫系统关系密切。食管癌和癌旁组织APOC1免疫荧光结果显示食管癌组织免疫荧光强度明显强于癌旁组织。结论:通过生信分析我们筛选出与食管癌患者预后显著相关的差异基因APOC1,其表达量与食管癌患者T分期和N分期呈正相关,但与年龄、性别和M分期无显著相关性。免疫荧光实验证实APOC1在食管癌组织显著高表达。APOC1可以作为食管癌诊断、预后标志物,其可能通过调节免疫系统功能影响食管癌患者预后。
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