【摘 要】
:
MiRNAs 是一类22个碱基长的非编码蛋白序列,它能在转录后水平上发挥重要的调节表达作用。茎环结构是miRNA前体(pre-miRNA)的重要特征,然而在许多基因组中存在大量类似茎环结构
论文部分内容阅读
MiRNAs 是一类22个碱基长的非编码蛋白序列,它能在转录后水平上发挥重要的调节表达作用。茎环结构是miRNA前体(pre-miRNA)的重要特征,然而在许多基因组中存在大量类似茎环结构的序列,如何正确的区分它们值得我们进行研究。目前利用生物信息学预测pre-miRNA的方法主要有两类:一类是基于同源性的方法,另一类是基于机器学习的方法,前者主要是根据pre-miRNA的保守性以现有pre-miRNA推测未知pre-miRNA,但对进化关系较远的物种效果较差,后者则是基于茎环结构的特征来预测pre-miRNA,准确率较高。
本论文主要是在Triplet-SVM-classifier法的基础上增加17个特征,利用机器学习方法—LibSVM软件包对pre-miRNA进行预测和探索。主要由两部分组成:
第一部分是利用LibSVM进行pre-miRNA预测和探索,第二部分是构建利用LibSVM预测pre-miRNA的web平台。
我们提取了pre-miRNA的特征49个,包括局部连续的结构序列特征,GC含量,单个碱基的自由能,茎环结构序列的长度,左右臂长度差,环的长度,泡的长度,泡的个数,碱基匹配数,匹配率,碱基匹配总个数占序列长度的比例,尾巴长度占序列长度的比例,AU、GC、GU占碱基匹配数的比例及Z曲线的3维斜率K,分别选取32个局部特征、17个全局特征和所有49个特征利用Libsvm训练出3个model文件,并用产生的model文件对8个测试集进行预测,结果表明选取49个特征预测的准确率比32个局部特征更高;另外,我们还对各特征的重要性进行了初步分析,发现我们新增加的 17 个全局特征确实能辨别pre-miRNA和类似pre-miRNA的茎环结构序列,至于本质特征还有待挖掘。
本论文的第二部分是构建了利用LibSVM预测pre-miRNA的web平台,综合利用了Perl,Perl CGI,Apache及Html语言,实现了利用LibSVM自动预测pre-miRNA,操作简单快速,界面友好,避免了使用LibSVM时采取命令行的形式,并且提供了对各特征量化值的下载,以便用于其他软件的分析。用户也可以选取不同的特征组合,从而比较不同model文件的预测结果。
其他文献
请下载后查看,本文暂不支持在线获取查看简介。
Please download to view, this article does not support online access to view profile.
梅花梅花,属耐寒多年生的落叶乔木,先开花后长叶,花多以白色、黄色、粉红色等,以五瓣为多。核果为小球形,早为青色,成熟时为橙色。老干苍劲蟠屈,嫩枝疏瘦挺拔。梅花有傲雪斗
摘要:在初中英语教学中,写作是学科能力结构中的一个重点,也是难点。在教学过程中,教师要对学生进行有效的写作指导;同时对学生作品要善于积极地评价与引导。 关键词:英语写作;全程渗透;多维指导;积极评价 中图分类号:G632.0 文献标识码:A 文章编号:1992-7711(2017)08-0064 一提起写作学生就犯愁,甚至一字不写,有的干脆放弃。写一篇像样的英语作文对于80%的学生来说是“难
【本刊讯】为了弘扬传统文化、丰富市民群众的文化生活、用书画艺术的形式进一步诠释“中国梦”的伟大构想,以书画展览的形式让普通群众贴近传统文化艺术,系统地展示中华民族
请下载后查看,本文暂不支持在线获取查看简介。
Please download to view, this article does not support online access to view profile.
摘要:《英语课程标准》对阅读教学提出了新的指导思想:英语课程的设计与实施要有利于学生改变传统的被动记忆、机械训练的学习方式,采用积极主动的、参与式和合作式的英语学习方式。所以,就要求教师根据学生的特点,以及课程的内容、特点等,对英语阅读教学进行研究,从而达到激发学生的学习兴趣,培养学生的阅读技能。 关键词:新课标;初中英语;阅读教学;基本策略 中图分类号:G632.0 文献标识码:A 文章编号
目的:近年来,随着微流控技术和二代测序技术的不断发展,微流控芯片在生物医学领域中的应用越来越广,而单细胞分析也引起了越来越多的关注。本文首先开发了一种用于体外抗高血
由于干细胞具有自我增殖,分化和修复的特性,外源性神经干细胞移植治疗神经系统退行性疾病成为人们关注的热点,虽然在帕金森氏病的治疗方面显示出一定的临床应用前景。但是细胞移
请下载后查看,本文暂不支持在线获取查看简介。
Please download to view, this article does not support online access to view profile.
展览时间:2014年5月3日一5月卵展览地点:北京798艺术区和画廊“境之无尽——严嘉韦个展”于5月3日下午4:00在和画廊开幕,展期至5月18日。本次展览是严嘉韦的首场个展,展出了