广西区农业的转型升级和农业发展方式的变革是面对当下区内土地、人力、农业生产资料等成本日益增长的必然要求,过去长期沿革的粗放式的农业生产已无法适应今日人民群众对于农产品质量和安全的需求。当前我国正在进行农业供给侧改革,而改革的重要目标之一是推进新型经营主体的发展。农民专业合作社,是新型农业经营主体之一,农产品的标准化、商品化、品牌化得以在农民专业合作社中实现。农业供给侧的改革为农民专业合作社在促进农民增产创收、消除农民个体与市场经济间的对话不平等的系列问题创造了良好的发展变革机遇。近些年广西农民专业合作社取得了很大发展,但普遍存在一些问题:合作社的盈利能力差、组织结构不完善、农产品质量参差不齐、产品缺乏议价能力等等,这些问题的产生归根结底都是合作社的组织管理运行出现了问题。本文通过相关文献及实地调研,梳理出农民专业合作社组织管理模式运行过程中存在的问题。通过对调研数据的分析及利用主分量分析和因子分析相结合的方法来判断影响合作社组织管理运行的主要因素,其次对样本中具有良好组织管理模式的合作社进行了实例分析。主要研究结果如下:1.多数合作社组织结构不完善。没有负责技术引进和开发的部门,缺乏营销部门,导致对市场感知能力弱,没有专门的财务部门导致账目混乱,缺乏统一的农资采购部门无法保证生产所需,缺少有执行力的组织决策机构。2.合作社的规模、合作社的决策模式,合作社的现代生产技术、合作社的利润分配机制和合作社的管理维度这五者之间相互联系与制约,同时是合作社组织管理模式的建立、运行好坏的关键性因素。3.运行良好合作社案例分析。案例中的合作社具有完善的组织结构,建立了专业技术部门保障技术的稳定发挥,嗅觉敏感的营销部门将市场变化及时的反馈到合作社管理层,及时作出调整,进而保障合作社的盈利等。同时合作社的技术部门与高校及科院院所建立了稳定的联系,确保了技术的持续更新。4.建议:合作社的建立原则依照风险共担,积极维护社员的利益;合作社的组织部门划分明确且精简;定期的合作社成员职业培训,提高社员的科学素养;政府部门对合作社相关政策加以规范和监管,同时政府部门在合作社组织发展计划、组织体制的设计等方面加以引导。本研究的相关成果有助于对农民专业合作社中组织管理问题的精准把握,为在实践中帮助建立具有良好组织管理模式的农民专业合作社提供有益指导。