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[目的]研究表明健康人肠道微生态的重要构成部分肠道腔内微生态(luminal microbiota,LM)与肠道粘膜相关微生态(mucosal-associated microbiota,MAM)之间存在差异性,同时肠道微生态受不同的基因背景、社会环境、生活饮食习惯影响。本研究通过对昆明市健康人群LM与MAM以16SrDNA扩增子测序法测定各自菌群结构,并分析其差异性。进一步认识昆明健康人群肠道粘膜与粪便微生态的大致构成,LM及MAM二者组成间差异性。为今后肠道微生态与疾病相关性的研究研究方向及样本选择提供一定的依据。[方法]纳入2016年9-12月在昆明医科大学第一附属医院体检的28例健康人,所有研究对象均排除其他全身疾病。记录所有参与者的性别、年龄、民族、BMI、吸烟史。留取入组人员粪便及粘膜样本,分为健康人肠道粘膜样本组与健康人粪便样本组。对样本进行构建16srDNA基因的高变区进行双末端(Paired-End,PE)测序文库,采用PE300策略检测V3-V4区。基于IlluminaMiSeq测序平台检测了28例健康对照的粪便和粘膜样本菌群结构,使用序列拼接软件FLMSH拼接reads为Tags,对其进行的样本质量统计数据表明16srDNA测序质量良好。通过对样本测序结果通过操作分类单元(Operational Taxonomic Units,OTU)物种聚类后进行物种注释,得出个别菌群在样本中的丰度。以及用Alpha多样性分析(包括计算测序结果中OTU数目的Chao指数、Ace指数、Shannon指数、Simpson指数)得出LM与MAM微生态系统组成间的联系与差异。[结果]1.将样本分组后的OTU物种注释进行比对,健康人粪便样本组(FH)有632种OTU。健康人粘膜样本组(MH)842种OUT。共计905个OTU中共有569个菌种是FH和MH组的粪便及肠粘膜所共有的菌种,63个菌群OUT为FH独有,273个为MH独有。2.在门(Phylum)层面上,本研究由肠道粘膜(MAM)及粪便(LM)中分析出的菌种共可归属于18种门类别下,二者中拟杆菌门和厚壁菌门均占总菌群的超过一半,且厚壁菌门/拟杆菌门比率<1。昆明市健康人群中变形菌门。(Proteobacteria),放线菌门(Actinobacteria),梭杆菌门(Fusobacteria),未分类菌门(UncLMssified)是相对丰度较少的菌群,在粘膜相关菌群中占比较粪便菌群中占比相对多。粘膜菌群分析中发现梭杆菌门在20号、34号志愿者粘膜及粪便菌群中的相对丰度较其他人有明显升高。3.从纲(Class)的层面看,本研究由MAM及LM分析出的菌种共可归属于32种纲类别下,二者中拟杆菌纲相对丰度较其余31种菌纲多。除此之外,梭菌纲、Bacili纲、衣原体纲以及α变形菌,β变形菌,δ变形菌,ε变形菌纲占超过一半的健康人肠道菌群组成。分析出的32种菌纲中柔膜菌纲、放线菌纲、脱铁杆菌纲、疣微菌纲、Termoleophilia菌纲、酸杆菌纲、芽单胞杆菌纲、异常球菌纲等纲目菌种相对丰度总体所占比例较少。在MAM中占比较LM中占比相对多。4.从目(Order)的层面看,在目(Order)水平上,MAM及LM中鉴定出的63个菌目中,乳杆菌目(LMctobacilLMles)和拟杆菌目(Bacteroidales)的丰度最高。其次丰度大于1%的菌群组成包括芽孢杆菌目(BacilLMes)、Selenomonadales目、假单胞菌目(Pseudomonadales)、肠杆菌目(Enterobacteriales)、伯克氏菌目(Burkholderiales)、丹毒丝菌目(Erysipelotrichales)、螺旋体目(Spirochaetales)等。MAM中的15个菌目明显高于LM(23.8%),其中2个科相对丰度高于肠杆菌目(Enterobacteriales)和芽孢杆菌目(BacilLMles),相对丰度大于1%的菌为;粘膜中未见明显相对丰度低于粪便的菌。5.从科(Family)的层面看,在科(Family)水平上,MAM及LM中鉴定出的117个科中,链球菌科(Streptococcaceae)和普雷沃氏菌科(PrevotelLMceae)所占的丰度最高。其次丰度大于1%的有拟杆菌科(Bacteroidaceae)、明串珠菌科(Leuconostocaceae)、动球菌科(PLMnococcaceae)、瘤胃菌科(RuminRococcaceae)、乳杆菌科(LMctobacilLMceae)、韦荣氏球菌科(VeillonelLMceae)、莫拉菌科(MoraxelLMceae)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、肠球菌科(Enterococcaceae)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、丹毒丝菌科(Erysipelotrichaceae)和消化链球菌科(Peptostreptococcaceae)。MAM 中有 32 个菌(27.4%)的相对丰度明显高于 LM,其中芽孢杆菌科(BacilLMceae)、链球菌科(Streptococcaceae)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)和紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)的肠粘膜相对丰度大于1%;不同的是,在科水平,FusObacteriaceae和EggerthelLMceae在粪便中的相对丰度高于肠粘膜,P值分别为0.041和0.047。6.从属(Genus)的层面看,在属水平上,MAM及LM中鉴定出的241个菌属中拟杆菌、梭菌、乳杆菌及未分型菌属构成了肠道菌群组成的绝大部分。在属水平上,鉴定出的241个菌属中,粘膜中有49个菌(20.3%)的相对丰度明显高于粪便,其中乳球菌属(LMctococcus)、埃希氏杆菌属(Esccherichia)、Parabacteroides和LMchnoclostridium相对丰度超过1%。[结论]1.昆明市健康人肠道菌群检出的基因序列总数共计905个OTU,肠道菌群多样性较部分有相关文献报道的部分西方发达地区健康人群有可能优势。2.实验得出肠道粘膜相关菌群多样性较肠腔内菌群多样性明显。并健康人肠道粘膜相关微生物菌群与管腔内微生物菌群组成结构存在明显差异性,在相关研究中两种样本应区分研究。3.肠道菌种可共归属于18种门类别下,其中拟杆菌门和厚壁菌门为优势菌群,东西方无明显差异。4.昆明市健康人肠道菌群MAM菌群多样性大,MAM及LM低厚壁菌门/拟杆菌门比率,及乳酸杆菌、双歧杆菌相对丰度在目水平上,乳杆菌目(LMctobacilLMles)和拟杆菌目(Bacteroidales)的相对丰度优势可能是代谢相关性疾病、炎症性肠病及肠易激综合征的保护因素;在科(Family)水平上,肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、志贺菌科(Fusobacteriaceae)相对丰度增多可以与昆明市IBD发病率偏高联系,可能是IBD的危险因素。