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2010年3月～5月从上海近郊地区采集199份不同品种的家养犬血清,根据GenBank上犬TTV病毒全基因组序列(Cf-TTV10,登录号:AB076002)设计PCR嵌套引物检测犬血清中TTV病毒,并进行流行病学统计分析。结果表明犬TTV的阳性率为14.6%(29/199),其中H地区的感染率较高(7/16),与其它地区(22/183)犬TTV的感染率存在极显著差异(p<0.01);不同品种之间,中型犬(牧羊犬、猎犬等)较小型犬(博美、贵宾等观赏犬)更易感犬TTV病毒(p<0.1),其中中型犬中萨摩耶(4/8)与边境牧羊犬(2/3)的感染率较高,与平均感染率之间存在极显著差异(p<0.01),说明牧羊犬类较其它品种的犬更易感TTV;雌性犬的感染率为20.1%,雄性犬感染率为11.0%,不同性别感染率间存在显著差异(p = 0.059)。选取病毒载量最高的一份血清,设计两套反式(4对)引物进行犬TTV全基因组序列的扩增,阳性克隆株命名为Sh-TTV203,并进行生物信息学分析。参考已知的犬TTV全基因组,分析本研究中犬TTV基因组的ORF分布、启动子、CpG岛、polyA等功能结构,确定包含高变区的ORF I的具体位置,并对ORF I蛋白的理化性质、亲疏水性、跨膜区、信号肽等方面进行分析.通过同源建模的方式预测ORF I蛋白的三维结构,进而分析ORF I蛋白的基序(motif)、结构域和抗原表位。研究发现ORF I蛋白为犬TTV的外壳蛋白,该蛋白可能与病毒毒力、病毒融合宿主细胞膜有关,该蛋白归属于Viral_ssRNA_CP蛋白家族。其中抗原表位的预测为犬TTV免疫机制研究提供理论参考。根据GenBank数据库中人TTV、非人灵长类TTV、海龟Tomovirus、树鼯TTV、猪TTV、犬TTV和猫TTV的全基因组序列,与本研究获得的犬TTV进行ClustalX做多序列比对,使用Phylip进化分析软件包,采用距离法、最大简约法(maximum parsimony,MP)和最大似然法(maximum likelihood,ML)对序列进行遗传进化分析。结果表明犬TTV与猪TTV1型亲缘关系最近,而猪TTV2型与其1型差别较大,位于树鼯TTV和獠狨、夜猴之间,说明可能存在两个猪TTV种群的平行进化,或是跨种间传播。