近二十年来,随着分子生物学理论和分子生物技术的迅猛发展,研究者获得了大量与动植物经济性状的遗传标记和候选基因,使得分子育种日益受到重视。在动物生产中,标记辅助选择(marker assisted selection,MAS)能够直接在DNA水平上对性状进行有选择性地选择,选择准确性得到极大较高。动物生产和遗传育种工作者通过标记辅助选择,结合常规的育种选择,使得猪的生产性状有了较大幅度的提高。
　　本研究利用比较基因组学、生物信息学和分子生物学等方法,对3个猪骨骼肌生长发育相关的基因:原肌球调节蛋白1(TMOD1)、促分裂原活化蛋白激酶激酶3(MKK3)和促分裂原活化蛋白激酶激酶6(MKK6)的部分基因组序列进行了克隆,在此基础上开展了单核苷酸多态(SNP)搜寻及与猪生产性状的关联分析。
　　研究取得的结果如下:(1)成功获取了猪TMOD1基因的cDNA部分序列,MKK3基因第七内含子部分序列和MKK6基因第四内含子部分序列,并已递交到GenBank。(2)对上述三个基因进行SNPs的检测,发现TMOD1基因第7外显子存在一个A134G突变,属于同义突变,该突变位点能被MvaI识别;MKK3基因第7内含子存在一个C439T突变,该突变位点能被AvaⅠ识别;MKK6基因第4内含子存在一个A324G突变,第9内含子存在一个C208T突变,分别能够被AvaⅢ和AluI所识别。(3)利用PCR-RFLP方法对上述3个基因4个SNPs在我室与通城县畜牧局合作组建的试验猪群中进行分型和关联分析,试验猪群包括通城(38头)、长白(25头)、大白(22头)、长大通(长白猪♂×(大白×通城)♀)(34头)和大长通(大白♂×(长白×通城)♀)(38头)。结果表明TMOD1基因的SNP-A134G与背最长肌pH显著相关(P<0.05)。MKK3基因SNP-C439T与胴体直长显著相关(P<0.05)。MKK6基因的SNP-C208T主要与大理石纹显著相关(P<0.05)。(4)对上述3个基因4个SNPs在美国依阿华州立大学Berkshire×Yorkshire F2群体中(n=515)中进行分型和关联分析。结果发现TMOD1基因的SNP-A134G与眼肌面积、平均背膘厚、最后肋背膘厚、腰部背膘厚、第10肋背膘厚、腿肌pH和背最长肌pH显著相关(P<0.05);MKK3基因SNP-C439T与眼肌面积、硬度显著相关(P<0.05);MKK6基因的SNP-A324G与平均糖酵解能力和系水力显著相关(P<0.05);MKK6基因的SNP-C208T主要与测试期日增重和初生重著相关(P<0.05)。综合本研究结果,TMOD1、MKK3、MKK6基因与猪的部分生产性状显著关联,可作为影响生产性状的潜在候选基因。