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乳腺癌的高度异质性使得不同亚型的乳腺癌患者在临床表现、治疗方式和预后等方面千差万别,对乳腺癌进行精准分型将帮助我们更好的判断预后及治疗方式。在众多乳腺癌亚型当中基底型乳腺癌预后最差且多表现出不同的表型及分子特征,因而引起学者的广泛关注。肿瘤干细胞理论的提出为基底型乳腺癌的研究带来了曙光,以CD44+CD24-/low作为识别依据的乳腺癌干细胞主要集中在基底型乳腺癌当中,且CD44+CD24-/low亚群细胞具有更强的侵袭及转移特性,这提示我们通过CD44+CD24-/low亚群进行研究很可能挖掘到具有干细胞特征的基因,不仅可以用来指导区分基底型乳腺癌,而且有望为该类型患者提供新的治疗靶点。基于此,本论文以流式分选的基底型乳腺癌SUM149PT、HCC1937细胞系CD44+CD24-/low及non-CD44+CD24-/low亚群为研究对象,通过RNA-Seq和相关生物信息学方法筛选可作为潜在分型基因的干细胞和非干细胞差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并在不同亚型乳腺癌细胞系中验证它们的分型效果,最后对锁定的关键基因进行体外功能研究。主要结果如下:(1)经流式细胞仪检测,基底型乳腺癌细胞系中显著高表达CD44+CD24-/low干细胞亚群(与管腔型相比,P<0.001);成功分选出基底型乳腺癌细胞系SUM149PT、HCC1937的CD44+CD24-/low干细胞亚群和non-CD44+CD24-/low非干细胞亚群;(2)通过对RNA-Seq结果筛选,共得到134个在SUM149PT、HCC1937干细胞和非干细胞中共有的DEGs,这些DEGs在生物学过程、细胞组分和分子功能三方面最显著富集的GO条目分别为胞外基质组成、胞外区、过氧化物酶活性,最显著富集的KEGG通路是肿瘤相关通路;(3)将预后分析得到的14个候选分型基因在12株不同亚型乳腺癌细胞系中进行mRNA和蛋白表达水平上的验证,结果表明低FA2H表达或高IL-6表达是基底型乳腺癌区分于其他亚型的显著特征,这两个基因有望成为基底型乳腺癌的潜在分型基因;(4)采用小干扰RNA技术沉默SKBR3细胞系中的FA2H,探索低表达FA2H基因对乳腺癌细胞迁移、干细胞比例的影响以及可能的作用机制,结果表明FA2H基因沉默后可以通过激活IL-6/STAT3信号通路促进SKBR3细胞系的干细胞表达及迁移能力;检测了重组人IL-6加入对乳腺癌细胞干细胞相关功能的影响,结果表明IL-6加入可显著提高SKBR3细胞系干细胞比例和自我更新能力(P<0.01)。