综合运输系统承担着我国大部分的旅客和货物的运输任务。大力发展综合运输可以充分利用线路基础设施、运输基础设施等资源,实现安全、高效、快捷的运输服务,从而在满足社会需求的前提下实现运输系统的效益最大化。北京市的综合运输系统正处于快速发展的关键时期,在运输能力、基础设施总量上都有很大的提高。综合运输正在向着多种运输方式分工协作、相互协调的方向发展。北京市快速增长的货运量对综合运输提出了更高的要求。但是目前各种运输方式无法完全协调,综合运输系统的发展限制了经济社会的发展。本文对北京市综合运输货运系统的协调性进行了以下研究：首先,在回顾国内外综合运输研究现状的基础上,归纳综合运输系统的概念和综合运输系统协调的内涵；基于数据包络分析方法,提出综合运输系统内部协调性评价模型、运输方式子系统间协调性评价模型及多系统间协调性评价模型。其次,运用数据包络分析模型分析近十年北京市公路货运系统、航空货运系统、铁路货运系统的协调性,从综合效率、技术效率、规模效率及规模效率状态四个方面进行计算评价；对公路、铁路、航空子系统间的协调性进行计算,得出结论：公路系统和航空系统、公路系统和铁路系统基本协调,航空系统和铁路系统不太协调；计算公路、铁路、航空货运系统的整体协调度,发现协调度呈波动上升趋势。再次,建立北京市货运量预测模型、并预测北京市未来五年的货运量。通过灰色关联模型分别确定了北京市公路、航空、铁路货运量的影响因素；建立预测货运量的灰色神经网络模型GNNM(1,N),预测北京市公路、航空、铁路的货运量,并对货运量的增长趋势和运输结构进行了分析。最后预测北京市未来五年公路、铁路、航空货运系统内部的协调性,计算结果表明按照目前的投入变化情况,投入的资源可以满足未来五年货物运输的需求。随后计算了2014年的三种运输方式的投入冗余量。最后给出了北京市综合运输货运系统协调发展的对策。