本文利用所测得的金色果蝇复合种（Drosophila auraria species complex）5个姊妹种（D. auraria、D.biauraria、D.triauraria、D.quadraria、D.subauraria）的32个标记基因的序列数据,并以D.melanogaster为外群,运用最大似然法（ML）和贝叶斯法（Bayesian）分别独立和联合构建了金色果蝇复合种5个姊妹种之间的系统发育关系树。通过多种检验方法结合最大似然法分析评估了数据质量,结果表明,所有基因数据对于解决金色果蝇复合种的亲缘关系都有较高的贡献值；而且发现联合序列分析构建的系统树相对独立分析更好地揭示了5个姊妹种间的系统发生关系：D.triauraria最先分化,其次是D. quadraria分化,再次是D.subauraria和D.auraria, D.biauraria最后分化,两种建树在果蝇的分化时间上十分相近。运用时空表达（gene expression profile）和p因子敲除法,初步探索了黑腹果蝇CG33465、CG8399、CG8841这3个未知基因的功能。选取卵、1龄幼虫、3龄幼虫、蛹,成虫五个不同时期以及头、胸、腹三个不同部位进行了表达量分析。用含p因子位点果蝇与含转座酶基因的果蝇杂交,筛选敲除目的基因的果蝇并推测基因功能。结果表明：三个基因在果蝇不同时期不同不部位的表达量都有差异,尤其是CG33465基因,其在黑腹果蝇的卵中表达较其它时期明显升高,达到了接近设置上限的相对亮度188.24。从卵到蛹各发育期的表达量都要明显高于成虫期。从组织部位来看,头部略高于胸部,但腹部的表达量明显低于其他两个部位。构建了CG33465基因敲除果蝇品系,观察发现其发育较迟缓,结合Flybase的功能预测、CG33465编码蛋白的三级结构预测以及本文的时空表达模式可以初步推测：CG33465基因主要参与果蝇的变态发育,特别是卵孵化幼虫的过程,可能具有丝氨酸类内肽酶活性（serine-type endopeptidase activity）。