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优良种质资源构成的基因库是作物育种突破的基础。育成品系一般是根据育种目标从优异亲本间杂交后代选育而成，与品种相比更容易获得。一些品系还引入新的优良基因，可拓宽所在地区大豆育种的遗传基础。研究表明育成品系已成为大豆杂交育种中最重要的亲本类型;同时育成品系也蕴涵丰富的遗传变异，对作物各类性状的遗传解析有着重要作用。关联分析是种质资源评价、利用的新方法，可以快速准确对目标性状QTL进行定位，目前已成为植物遗传育种相关研究的热点之一。本研究按照上述思路，在已有研究基础上，从江淮地区4个大豆适应性亲本与国内外大量优良材料杂交衍生的340个新品系中筛选出296份建立江淮大豆育种种质群体(YHSBGP)，作为所在区域大豆育种的基因库;通过对多年的农艺、品质性状表型和分子标记基因型分析揭示该群体的遗传多样性和遗传结构;利用MLM模型对该群体的农艺、品质性状进行关联定位;在优选关联位点的基础上发掘优异等位变异，为该群体的深入研究及有效利用研究奠定基础。所得主要结果如下:
1.对YHSBGP群体农艺、品质性状方差分析发现品系间单株产量、百粒重、蛋白质含量、脂肪含量、株高、主茎节数、开花期、生育期、倒伏性、分枝数都存在极显著差异。93对SSR标记共检测到417个等位变异，平均每个位点等位变异数为4.48，变幅为2～15，基因多样性指数为0.50，PIC值为0.46。227对InDel标记共检测到493个等位变异，平均每个位点有2.10个等位变异，变幅2～4，基因多样性指数为0.27，PIC值为0.22。SSR标记多样性高于InDel。利用320对SSR、InDel标记基于Neis(1983)遗传距离的聚类分析可将群体划分为4类，结果与4个核心亲本亚群相对一致，但不同亚群间材料又有相互交叉。依据所有标记分析各亚群间遗传多样性，发现南农88-48亚群遗传多样性最高，但不同亚群遗传多样性接近。基于标记对群体内个体间亲缘关系进行估计，发现78.84％的材料亲缘关系＜0.05，表明大部分品系间亲缘关系较远。
2.利用320对标记分析群体的连锁不平衡(LD)情况，发现共线性位点组合中95.31％r2值介于0到0.2之间，68.45％D值介于0到0.5之间。由LD衰减图发现群体中LD情况较复杂，最短距离为8kb，最长距离为33537kb，平均距离为5995kb。利用40对InDel标记运用STRUCTURE软件分析将群体分为3个类群，分别以南农88-48、南农86-4和南农菜豆5号亚群材料为主，另有55份混合型材料，软件划分类群的材料组成与核心亲本亚群材料来源存在显著相关(x2=233.54，P＜0.001)。
3.采用MLM_Q+K模型对YHSBGP群体4年6个环境农艺、品质性状进行关联分析发现，单株产量、百粒重、蛋白质含量、脂肪含量、株高、主茎节数、开花期、生育期、倒伏性、分枝数10个性状检测到的显著关联位点(-log(p)＞1.30)共1196次。选取2个以上环境中重复检测到的位点进行关联区段分析，获得农艺性状显著关联区段36个，品质性状显著关联区段11个。
4.分析与农艺、品质性状显著关联位点的SSR、InDel标记的等位变异效应，从中筛选出一批增效（或减效）的优异等位变异。其中开花期增效等位变异有16个，减效等位变异11个;生育期增效等位变异5个，减效等位变异4个;倒伏性增效等位变异5个，减效等住变异5个;主茎节数增效等位变异3个，减效等位变异17个;株高增效等位变异28个，减效等位变异20个;百粒重增效等位变异22个，减效等位变异40个。油脂增效等位变异19个，减效等位变异24个;蛋白质含量增效等位变异7个，减效等位变异7个。选取各性状表型均值最大（最小）的前20份材料，对效应值较大的等位变异进行鉴定，证明这些等位变异的作用，从而为育种实践提供信息。