具备创新能力的中小型企业可以刺激出经济的更大活力同时便于吸收就业。全国中小企业股份转让系统（简称“新三板”）市场是继主板和创业板等股份交易市场之后的一个关键的资本市场补充环节,它的建立目的是帮助缓解中小企业融资难问题。目前学术界对新三板的现有研究中大多看重新三板的制度建设问题,对新三板挂牌企业的财务成长能力、融资结构以及盈利能力的研究少之又少。基于新三板挂牌的公司类型大部分集中于高科技行业的中小型企业,其中制造作业行业的企业数量连续几年来均排在第一位,因此,将新三板挂牌制造业企业作为典型和代表,研究探讨制造业企业的融资结构对盈利能力的影响能够更好推动我国高科技制造业产业的长足发展。本文选取在新三板挂牌的制造业企业作为研究对象,探讨其融资结构对企业盈利能力的影响,一方面为寻求制造业企业最佳的融资结构提供参考意见,另一方面也可以为提高市场监管效率等角度贡献指导意见。文章首先阐述了研究背景、研究目的和研究意义,并且将与本文研究主题相关的文献做了系统梳理,接着简单梳理了制造业企业不同融资方式对盈利能力的影响机制。然后,本文对新三板的2016-2018年三年间的发展概况进行多角度的统计描述。为了验证新三板挂牌制造业企业融资结构对盈利能力的影响,本文选取新三板创新层207家挂牌制造业企业的相关数据进行实证回归分析。实证回归分析过程包含对所选变量的样本特征进行简单的初步描述;将净资产收益率和总资产收益率作为被解释变量分别进行面板数据固定效应回归分析。模型回归分析结果证明:新三板挂牌企制造业企业的内源融资与外源融资的比例越高,其盈利能力越差;新三板挂牌制造业企业的长期债务与股权融资的比例越高,盈利能力越差;新三板挂牌制造业企业的规模和成长能力两项控制变量也同企业的盈利能力具有相关性;销售利润、公司财务杠杆还有公司股权均对制造业企业有明显的正向影响。因此,本文建议规范内部资金使用,拓宽外源融资渠道;促进新三板制造业企业股权融资偏好;调整企业债务水平,实现举债水平合理化;加强金融机构的监督作用,营造良好的市场环境。