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宫颈癌（Cervical Cancer, C）是威胁全球女性健康最常见肿瘤之一。人乳头瘤病毒（Human Papillomavirus, HPV）持续感染是导致宫颈癌最主要的致病因子。在全球范围内,每年约有20多万女性死于宫颈癌。在发展中国家,宫颈癌属于常见多发的妇科肿瘤。我国每年约有15万的宫颈癌新发病例。根据HPV感染与宫颈癌发生的相关性将其分为高危型、疑似高危型和低危型。高危型HPV主要包括HPV16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59和68,高危型HPV感染常可导致宫颈癌的发生。欧美等国宫颈癌的发生多与HPV16以及HPV18感染有关。与欧美等国不同,我国国内部分地区HPV流行病学调查结果显示：宫颈癌的发生多与HPV16、HPV52和HPV58的感染关系密切。世界范围内流行病学调查结果显示,HPV16感染导致的宫颈癌占宫颈癌病例数的50%以上,HPV18感染导致的宫颈癌约占宫颈癌病例数的20%。低危型HPV如HPV6、HPV11和HPV34型极少出现于宫颈癌中,但常可导致宫颈良性病变和外生殖器疣。目前已经得到公认的分子生物学水平上的HPV致癌机制主要与HPV-E6和HPV-E7蛋白的作用关系密切。HPV-E6基因的主要功能是编码具有生物转化活性的蛋白质,其表达主要位于细胞核内。HPV-E6蛋白为编码151个氨基酸的蛋白质,分子量为18KD,有4个Cys-X-X-Cys保守序列,参与E6蛋白质的结合锌和细胞转化功能。HPV-E6蛋白可以与肿瘤抑制基因产物p53蛋白结合形成复合物,通过降解抑制p53蛋白对细胞周期的负调控功能,阻断细胞凋亡,这可能是E6蛋白诱导细胞发生恶性转化和细胞永生化的主要机制。此外,E6蛋白还是一种多功能的蛋白质,在细胞内可以与多种蛋白发生相互作用。E7蛋白的主要功能是破坏视网膜母细胞瘤蛋白（Retinoblastoma protein, pRb）,导致pRb蛋白降解以及与pRb结合的E2F转录因子的释放。E2F会激活细胞周期调控基因。这种联合效应使得DNA受损的细胞可以无限制地过度增殖,最终导致细胞癌变。因此,HPV-E6和HPV-E7基因的变异与致癌性关系密切。虽然低危型HPV感染所致疾病并不像高危型HPV感染导致的宫颈癌那样受到极大关注,但是低危型HPV感染同样会对人体的健康带来极大伤害,而且它们的高感染率和发病率也同样会带来巨大的疾病负担,其对健康的影响同样不容小觑。针对低危型HPV的研究,特别是了解低危型HPV感染个体中的变异株的存在情况以及导致的氨基酸残基的变异情况,有助于进一步认识HPV进入宿主后的变异株产生机制和免疫逃逸机制。在本研究中,提取HPV34宫颈脱落细胞DNA样品并进行二代测序（Next GenerationSequencing, NGS）:此次测序深度为24Gb,共包含高质量的FASTQ序列241,568,984个,得到HPV34序列3730个。使用（Integrative Genomics Viewer, IGV）对HPV34测序数据与HPV34标准序列（Nc001587）进行比较,确定变异位点并据此判断氨基酸残基的变异情况。结果显示：HPV34基因组全长序列上15个位点存在变异型,多态性达到20种。大多数核酸变异导致氨基酸残基的变异。同时观察到1处7个连续相邻位点的连锁变异,其核酸多态性为15种,氨基酸残基多态性为14种：1处2个连续相邻位点的连锁变异,核酸多态性为3种,氨基酸残基多态性为2种。因此,在同一个个体内,存在至少15种变异株。