蔡元培科学思想的萌芽时期表现在受传统文化中儒家“中庸”思想、墨家科学思想和明清的考据、词章的影响。甲午战后，蔡元培科学思想日趋形成。其一是涉猎外来文化，日本与西方的科学思想对他影响颇深。其二是国内维新志士给了他极大的启发。辛亥革命时期，通过亲身留学德、法两国，蔡元培的科学思想获得进一步发展。蔡元培科学思想的内容丰富，主要包括对“科学”的阐述；“科学救国”论；科学方法和科学精神；科学与艺术、哲学的关系等。蔡元培是中国跨世纪的大师，其科学思想有着多样性的特点：科学与教育并重；科学精神与人文精神相结合；借鉴与创新并举；纯粹科学与应用科学并重。但是任何伟大人物都会受到时代的局限，因此后人在肯定其贡献的同时，也要看到其缺陷。本文试图探讨蔡元培对中国科学事业现代化的贡献，了解中华民族在现代化过程中的艰辛历程，总结历史经验，更好的为我国社会主义现代化建设事业服务。