二十世纪初期,蔡尚思在福建德化打下了深厚的古典学养基础,为寻求新的学术空气,蔡尚思冲破重重阻碍,决定负笈北上。到京初期,蔡尚思便效仿古之拜师礼向北京诸名师上书,得到了众多学界名流的垂爱和指点,然而,梁启超和陈垣对他是否从事中国思想史研究呈现出不同的态度。蔡尚思的学术生涯始于哲学研究,尤以孔学为主。《孔子哲学之真面目》是其致力于孔学研究十余载的阶段性成果,此间其思想研究专注于评估学说本身,笔墨集中在孔子人生哲学方面,着力构建全面的孔子研究体系。蔡尚思的孔学研究与时贤有诸多不同,尤其是与当时陈焕章等尊孔派相背离。蔡尚思逐渐融入到整理国故的风潮中,《中国思想研究法》和《卅年来的中国思想界》是其代表性著作。蔡尚思的研究领域二十年代至三十年代经历了由哲学到思想的过渡,三十年代后基本以研究思想为主,并且随着他对哲学和思想关系认知的深化以及思想史研究材料的扩展,逐步形成了较为完整的思想史研究体系,《中国思想研究法》是蔡尚思研治思想史个人见解的阐发,而要窥探他眼中的民国思想界,《卅十年来的中国思想界》更具参考价值,《中国思想研究法》是《卅年来的中国思想界》的注脚。二十世纪三十年代是蔡尚思学术生涯中思想多元化的时期,以唯物史观为主导,同时对其他学术流派兼收并蓄,并且将传统儒学的学理层面纳入到思想研究的体系中,但对尊孔现象却渐露“批孔”立场。四十年代出版的《中国历史新研究法》是蔡尚思论述史学方法论的专著,与《中国思想研究法》相辅相成,兼重唯物史观派和史料派的治学方法,是其中国通史编纂计划的重要步骤。随着蔡尚思学术立场的转变,他对中国传统文化的看法也发生诸多改变,不仅与同属唯物史观阵营的学者李季展开关于老庄思想的论战,而且撰写《中国传统思想总批判》激烈地“批孔”、攻击现代新儒家。