植物功能基因组学研究在本世纪发展十分迅速，然而在转录水平提供的基因表达的信息确还不能完全确定一个基因的功能。因为基因只是遗传信息的携带者，蛋白质才是生命功能的真正体现者，且在从基因到蛋白质的转录及翻译过程中，在不同机体，不同组织，甚至不同阶段都有不同<[1]>。所以广范围研究蛋白质研究表达和功能模式的蛋白质组学已经成为功能基因组学的重要领域。它旨在阐明生物体内全部蛋白质的表达模式及功能模式，其内容包括鉴定蛋白质的表达、存在方式(修饰方式)、结构、功能及相互作用等。蛋白质组是指一个基因组所编码的所有蛋白质的总和。蛋白质组方法学包括蛋白质组分离技术和蛋白质组鉴定技术。用于蛋白质分离的双向凝胶电泳技术是蛋白质组研究的核心，而鉴定技术则是蛋白质组技术的支柱。 为了进一步研究植物红光信号途径，本文利用双向聚丙烯酰胺凝胶电泳技术，分离子红光受体双突变体phyAphyB与col-4的蛋白质组，得到了高重复性的双向凝胶图谱。通过初步的斑点配比，获得了两种材料的差异蛋白质点图谱；并选取55个变化明显的蛋白质点用原位酶解，抽提蛋白质片段进行MALDI-TOF-TOF-MS质谱分析，利用肽质量指纹图数据在数据库中进行检索，其中包括普通反应酶、过氧化物酶、转录因子、绑定蛋白，分子伴侣蛋白等。同时为了发现更多植物红光信号途径与蓝光信号途径的交叉因子，还以拟南芥野生型(Arabidopsis，Col-4)，红光受体突变体(phyB)和蓝光受体突变体(cry1-304)七天幼苗的全蛋白为材料，在增溶样品，设定合适的电泳参数，选择适当的SDS-PAGE的凝胶浓度等电泳条件下，获得了质量较好的SDS凝胶图谱。