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黄瓜是世界范围内重要的蔬菜作物,目前已经完成了栽培、野生多个材料的参考基因组拼接,构建了涵盖115份核心种质的变异组图谱,但是黄瓜重要性状控制基因/QTLs的研究仍然滞后。黄瓜中现有的遗传图谱主要是基于SSR、AFLP等分子标记构建,标记密度不足,限制了基因/QTLs的定位精确度和准确率,不能满足基因克隆和分子育种的需求。本课题通过对一个重组自交系(R ecombinant inbreed line,RIL)群体进行低覆盖度重测序,利用SNP构建了黄瓜超高密度遗传图谱。在此基础上,结合表型数据进行了多个性状的QTL定位。该图谱将促进黄瓜重要性状的基因/QTLs定位研究,并为了解和利用黄瓜基因组信息提供更多数据支持。除利用遗传图谱进行基因/QTLs研究外,本课题中还利用黄瓜EMS突变体库,筛选了黄瓜果皮浅绿的突变体,通过混池测序的方法仅利用一个较小的F2群体,快速确定了突变位点,定位了候选基因。本课题的主要结论如下:(1)利用含有147个单株的RIL群体(9930x9110Gt),构建了超高密度遗传图谱。该图谱总长度1384.4 c M,包含115,933个SNP,759个重组片段,覆盖全基因组98%以上。(2)将所构建遗传图谱与9930拼接基因组序列进行比较,99%以上的遗传图谱顺序与序列图谱顺序一致,证明了遗传图谱的高精确性。同时发现,染色体5的0-3.3Mb处9条Super-scaffold被错误定位,应该位于12.3-12.4Mb之间。(3)初步了解了全基因组重组率的变化规律,识别了22个重组热点区域。(4)对抗黑星病(Ccu)、亮皮(D)和果皮网纹(H)质量性状基因进行了遗传定位,其中抗黑星病基因被缩小到88kb的区间,只含有一个抗病基因Csa2G021710,可作为Ccu的候选基因;D和H的定位区间缩小了7Mb,定位到染色体5上的1.2Mb区间。(5)对果实、叶片、子叶等10个农艺性状进行了QTL定位,共检测到28个QTL位点,包括15个为新检测到的QTL。其中15个QTL在多个季度的数据中,均重复检测到。(6)从EMS突变体库中筛选了黄瓜果皮浅绿突变体,通过全基因测序和连锁分析定位了Csa ARC5为果皮浅绿基因lgp的候选基因,并提供了与果皮表型紧密连锁的d CAPS标记。