河长制是我国在水资源管理体制方面的一种创新,是我国特有的一项水资源管理制度。它经历了地方试点探索和全国推行两个阶段。河长制并不是凭空产生,它是在已有的环境法律体系和水资源管理制度上衍生而来,它的产生有着诸多的法律依据和制度支撑。河长制从地方试点探索至今,在水污染防治和水资源管理上取得了不错的成效,实践验证了河长制是一项行之有效的制度。但是作为一项新生的制度在推行的过程中还是遇到了不少困境,在将制度付诸实践与现行水管理体制进行融合碰撞时,也暴露出了制度本身存在的一些问题。主要体现为:河长职责非法定。目前河长履行职责基本是依靠政策性文件的指导,尚未有相关法律法规对河长职权和责任承担作出明确的规定。河长制推行对行政权力过分依赖。河湖治理的权力集中于河长手中,河长制的推行依赖于河长的决策,容易造成权力滥用。河长制与现行水资源管理体制的冲突,主要体现为,河长与相关涉水部门职能的重叠与交叉、跨省河湖治理问题、与已有流域管理机构职能冲突问题。公众参与和社会监督的缺位。该问题体现于河长制推行的各个环节,从决策阶段到绩效考评到责任追究等都缺乏公众的参与和监督。科学考核机制的缺乏。主要是指考核标准不够科学合理,没有充分的贴合河湖的自然特性,缺乏科学依据。河长制不是对现有水资源管理体制的否定与替代,而是一种补充和升级。因此完善河长制是在尊重既有水资源管理体制的基础上进行的。完善河长制可以从以下几个方面着手进行:首先是将河长职责法定。对此可以在相关环境法律中对河长职责作出明确规定,也可以通过制定专门的地方性法规来予以明确。以法定的形式明确河长职责,通过对职能进行明晰划分来解决与涉水部门职能重叠交叉问题。也可以在一定程度上避免河长权力滥用。其次对于跨省河湖的治理,既可以以签订协议的形式协商处理,也可以设立一个国家层面的河长来统一协调处理。最后在河长制的推行中应当建立全过程的公众参与机制和完整的监督制度。让公众参与和社会监督渗透到河长制运行的各个环节。同时还应当设立一个科学的考核机制,在尊重不同河湖自然特性的基础上制定出科学合理的考核标准,使河长制的运行更加民主与科学。