自1949年以来,大陆与台湾地区(以下简称“海峡两岸”或“两岸”)司法机关一直缺乏正式的官方接触和联系,至今没能建立起切实有效的区际刑事司法协助机制。在两岸签署全面区际刑事司法协助协议之前,对此进行理论探讨,有针对地采取措施,促进两岸司法人员的直接交流,务实灵活地开展两岸刑事个案协查工作,以突破两岸司法交流与合作的现实困难,推动两岸区际刑事司法协助机制的建立,对于造福两岸同胞,维护海峡稳定,促进两岸关系的和平与发展,都具有重大与现实的意义。本文从区际刑事司法协助的概念入手,对两岸刑事个案协查的概念和特征、必要性和可行性、既有实践与具体协查模式、实践中存在的困难与法律问题等等,进行理论论证和实务分析,最后有针对性地就如何加强涉台刑事个案协查工作提出一些建议。本文包括引言、正文和结语等三部分,正文共分四章。第一章是两岸刑事个案协查的概念。本章介绍了区际刑事司法协助和两岸刑事个案协查的概念及特征,从政治障碍、法律依据、协查渠道和协查程序方面入手,分析了两岸刑事个案协查与内地和港澳间个案协查的异同,论述了两岸刑事个案协查的复杂性、特殊性及其具体特征。第二章探讨两岸刑事个案协查的必要性、可行性及既有实践。首先论述了台湾地区作为独立法域是客观存在的事实,两岸刑事协作是打击互涉犯罪的客观需要,以及两岸刑事司法协助发展过程的复杂性和漫长性,阐明两岸刑事司法协助机制的建立需要有刑事个案协查探索和实践的过程,从中扩大共识,积累经验。其次,从两岸有关司法协助的谈判成果和理论共识,内地与港澳间的个案协查经验和海峡两岸刑事个案协查的成功实践,两岸在相互认可法律制度方面的突破以及对对方证明文书的证据效力的类似立法等方面入手,论证了两岸刑事个案协查的可行性。在此基础上,介绍了两岸关于移交逃犯的遣返合作和个案协查实践,尤其是福建省与台湾地区的警务合作和福建省检察院开展涉台刑事个案协查的工作情况,从实务角度比较分析了实践中发展起来的各种具体的协查模式,以实证的方法论述了两岸司法机构直接开展合作的个案协查模式是未来两岸应着力发展的主要的区际司法协助模式。第三章分析两岸刑事个案协查的现实困难和主要法律问题。政治因素是两岸刑事个案协查的主要障碍,也是两岸司法交流与合作中的现实困难。同时,通过民间组织开展个案协查在实务上也有局限性。而且,由于涉台刑事立法的滞后,也给刑事司法带来了一系列实体和程序的法律问题,包括有关台湾法域地位不明、涉台个案协查法律地位欠缺、境外证据认定困难,跨境共同犯罪查处的难度等。第四章提出加强涉台刑事个案协查工作的建议。从促进两岸司法人员的直接交往,推广涉台办的经验,坚持多渠道多形式的个案协查模式等方面,加强涉台刑事个案协查的探索和实践,推动涉台刑事个案协查机制的最终建立;提出从落实一国两制原则的立场出发,应单方面立法承认台湾地区在祖国统一前的独立法域地位,并加快涉台刑事立法,制定专门的涉台刑事诉讼程序,对个案协查途径获取的涉台证据采信规则做出规定,修改刑法有关内容以有条件地承认台湾地区刑事法律的效力,从实体和程序两方面对涉台刑事法律修改完善。