生态补偿已成为一种协调经济发展和生态保护的重要的有效的措施。目前,我国对生态补偿研究还处于初始阶段,在区域生态补偿研究方面,还比较薄弱,研究成果不多,还需要进一步完善区域生态补偿机制,以促进区域协调发展。按照生态补偿的理论框架,补偿主体与客体、补偿标准和补偿方式等三个方面是其中的关键问题,也是区域生态补偿实践中的难点,三者共同构成区域生态补偿机制的核心内容。要建立区域生态补偿机制,并构建确保这一机制有效运转的制度环境、合理的组织安排和完善的区域多样化生态补偿方式,在上述三个方面都会遇到新的问题,形成实践中新的难点。如何明确区域之间的补偿责任、如何确定补偿的数量、通过哪些方式来实现相应的补偿等,这些对区域发展提出了新的要求。作为公共物品或公共服务,生态环境具有显著的跨区域性。从维持各地区的资源环境可持续出发,每个地区都需要按照基本的环境要求,保有一定的本地化环境功能(即基本生态品产出),对富余的区域性的资源环境功能则可以作为特殊的“产品和服务”进行交换。而当一些地区生态足迹发生赤字时,可以从其他地区的生态维持中获得平衡。在具体的实践中,区域性生态服务的各受益地区往往隶属于不同的行政区划,分属于不同级次的财政,因此,协调处理好区域生态补偿问题实际上要复杂得多。生态足迹研究,既可以通过区域经济发展的资源、环境供给及需求核算,反映区域生态安全状况,为减小生态足迹,提高区域安全程度的实践奠定基础,又可以通过对区域生态足迹的计算和生态盈余／赤字的分析,为区域间基于资源产品和生态服务利用不平衡性而进行的生态补偿提供了理论依据。本文以生态足迹的理论和方法为基础,采用理论分析与实证探究相结合,定量分析与定性分析相结合的研究方法,从宏观层面确定生态补偿的判定标准,建立生态补偿的量化模型和计算方法,研究区域之间的生态补偿量化问题,为生态补偿提供依据；同时提出建立完善区域生态补偿机制的相关建议,通过区域间生态补偿基金的建立,强调平行区域间的补偿责任,多样化的区域生态补偿方式,促进区域协调发展。