随着世界经济区域一体化趋势的不断发展，全球产业结构不断进行调整、社会分工也在进行细化，创新正日益成为企业生存与发展的不竭源泉和动力。而创新的形式也正在从封闭的架构和方法转向开放的平台与资源、从在企业组织内部自主创新转向不同主体间合作的协同创新。协同创新可以有效地实现资源、技术共享、风险共担、优势互补，节约创新主体的创新成本，能够提高经济效益和社会效益。国家正在大力倡导协同创新，因此研究协同创新项目的运行机制，探寻协同创新主体间合作的内在规律具有十分重要的理论和现实意义。文章首先对创新理论和协同创新理论的研究状况进行了回顾，对协同创新的动机、优势以及协同创新的组织模式进行了阐述。其次在协同创新理论的基础上对协同创新中存在的问题和协同创新项目的过程进行分析，指出协同创新由立项阶段、实施准备阶段、实施与监控阶段、运营与交付阶段四个阶段组成。对项目协同创新四个阶段的内外部构成要素进行分析，对不同要素之间的相互联系以及运行方式进行研究。再次，对协同创新主体之间的作用方式不同可以将协同创新分为供应链之间的协同创新和产学研之间的协同创新。对两种形式的协同创新的主体、模式以及过程进行了详细分析，在此基础之上提出了协同创新运行机制，然后又对其中的选择机制、投入机制、激励机制、运营机制、成果导入机制和利益分配机制进行了详细介绍。最后通过模糊分析法构建出了协同创新运行机制成熟度评价模型。在结论与展望部分，系统总结了本文的研究结论和理论贡献,提出了相应的建议。最后，分析了本文研究的不足和对未来研究的展望。