近年来，我国高等教育办学体制出现了一种新的办学形式，即在一些国有高校中出现了一些民办机制的独立学院(简称独立学院)。如何激励高校独立学院在聘人员努力工作，如何考核评估各部门团队，如何考核评估员工，让高校独立学院健康顺利地发展，是目前教育界的一个重大课题，也是许多高校管理者必须思考的现实课题。 　　本文提出“双主体”激励理念，在激励理论下，认为在激励过程中，组织和组织中的人是目标一致的双主体关系，本文认为高校独立学院的专职教师是社会人，在这些理念的指导下，对现阶段高校独立学院专职教师的现状及需要进行分析，说明收入需要、福利需要、学术权利需要、继续学习需要、工作安全感需要、完善理想的人格需要，其中收入需要、继续学习需要仍原是现阶段的首要需要。对高校独立学院目前的激励机制进行了总结，同时指出专职教师的流动性很大；专职教师在接受继续教育方面存在困难；独立学院在专职教师个人的发展上处于劣势；专职教师具有一定的劳动风险等是现阶段高校独立学院激励存在的主要问题。 　　在此基础上，本文借鉴平衡计分卡(BSC)原理、方法，提出对高校独立学院专职教师进行激励创新。为了实现组织的目标，需要建立基于个人目标与组织目标相一致、短期目标与长期目标相平衡、财务目标与非财务目标相平衡的有效激励措施。