高等教育投入产出的空间组织是指教育资源在各地的分布结构和优化配置情况。空间组织,静态意义上指高等教育资源在空间上的布局结构及相互关系,即高等教育资源的空间分布结构；动态意义上指如何合理有效的在一定空间内对高等教育资源进行优化配置,即高等教育资源的空间配置。《国家中长期教育改革和发展规划纲要(2010-2020)》和《关于实施高等学校创新能力提升计划的意见》分别提出建立跨地区教育协作机制和高等学校的协同创新模式,上述两个文件分别在宏观和微观上为本研究提出的高等教育资源空间组织提供了政策依据。本研究借助量化方法分析了我国省域高等教育资源分项指标和综合水平在时间上的发展趋势、空间上的分布结构；运用DEA-Malmquist全要素分析法和系统协调度分析法计量了省域高等教育投入产出的生产率、及与经济发展的协调性,并解析了生产率和协调度的发展趋势和空间分布特点；运用空间计量方法分析了投入产出综合水平的空间相关性、空间相关结构稳定性及空间溢出效应；还对资源的全要素生产率、及资源与经济发展的协调度进行了空间统计分析；最后运用回归分析方法验证了全要素生产率对区域高等教育投入产出的影响。研究结果表明：1)高等教育发展方式全面转入内涵式增长,投入产出大部分分项指标及综合水平呈增长态势；与经济发展的协调度经历了不协调、弱协调、协调和协调良好四个阶段；全要素生产率近期主要表现为“规模效应”和“前沿面追赶效应”驱动的增长方式。2)高等教育资源空间非均衡特征显著,东部高等教育投入产出的平均综合水平始终高于中部和西部,在空间分布上呈现由东至西的梯度发展格局；但分项指标分别呈现中部塌陷、梯度发展、点状聚集和空间扩散等空间分布特征；3)全要素生产率与协调度区域差异明显。教学生产率呈现东高西低中部居中的分布状态,科研生产率呈现西高中低东部居中的分布状态；大部分省域高等教育投入产出与经济发展的协调度始终处于低水平协调状态；西部省域多数表现为滞后发展型,而东部省域大多表现为先导发展型；省域投入协调度形成较为明显的“中部塌陷”特征,产出协调度明显呈东高西低中部居中的梯度分布格局。4)高教资源及协调度存在空间相关效应。投入产出及协调度存在显著的空间自相关性,但全要素生产率没有形成邻居学习效应或竞争态势。5)高教资源存在空间溢出效应且与教学TFP相关。临接省域的高等教育投入会正向影响本省域的高等教育产出,临接省域的高等教育产出会正向影响本省域的高等教育投入；教学科研全要素生产率与投入产出存在正比例增长关系。因此,本研究建议：1)提高高等学校主动适应经济社会发展的意识和能力,形成完善“供给-需求”联合驱动的区域高等教育资源配置机制。2)从“公平”转向“均衡、效率和协调”兼顾的资源配置原则。依据高等教育职能论和高等教育资源的特征,依据区域资源非均衡配置的现状,强调“均衡、效率和协调”兼顾的区域资源配置原则。3)从“区域竞争”转向“区域联动”的区域互动策略。鼓励高等教育资源在相邻省域间实现空间流动,即从资源的“区域竞争”转向“区域联动”的区域互动策略。4)实施区域资源配置的“反梯度”推动策略、打造区域增长极。在高等教育资源的低低聚集区宜采取高等教育优先发展战略,在空间上制造高等教育投入产出点状突破的“增长极”,并最终由资源的空间溢出效应形成“以点带面、由西至东”的反梯度发展格局。5)建立东部地区反哺中西部地区的高等教育补偿机制。中央政府应对中西部的高等教育投入采取倾斜政策,从制度上建立东部发达地区反哺中西部的高等教育财政补偿机制和对口支援机制。6)主动适应“新常态”、积极破解中西部高等教育困局。省域高等教育应主动适应东部产业升级和西部承接产业转移的经济转型和发展趋势,适时调整高等教育资源的层次结构和分布结构。7)主动融入“一带一路”战略规划、发挥增长极带动作用和进一步扩大对外开放。陕西、四川和江苏应充分发挥地区高等教育增长极的作用,西南、西北应发挥地缘和文化优势,东南应加强高等教育资源溢出效应的跨区域隔位交流能力。