随着知识经济时代的发展，科技创新已经成为经济社会发展的首要推动力量，成为提高国家核心竞争力、影响国家综合竞争的重要因素。在党的十八大报告中提出要全面实施创新驱动发展战略，建设创新型国家，要坚持走中国特色自主创新道路，深化科技体制改革，建设国家创新体系，推动科技和经济紧密结合，抢占科技发展战略制高点。基层政府科技管理机构作为科技管理的主体，作为国家科技系统和行政管理的重要组成部分，是建设国家创新体系中重要的一环。然而目前南京市六合区基层政府科技管理还不能满足社会、经济的发展要求，管理人才缺乏、科技政策难以落实到位、科技投入偏少等一系列问题都严重影响了基层政府科技管理的效果。　　本文从科技管理的概念入手，介绍了科技管理的内容，并对基层政府科技管理的含义和必要性进行了分析。简述了南京市六合区从1949年以来基层政府科技管理的演变，以及现阶段在管理机构和管理体制两方面上所取得的成绩，并针对南京市六合区基层政府科技管理存在的科技管理机构、科技管理人才、科技投入、科技项目管理、科技成果转化等方面的问题进行深入分析，提出存在问题的主要原因在于行政管理体制僵化、经济发展与科技发展相脱节和运行机制存在缺陷等方面。最后，本文对比了我国先进地区基层政府科技管理的模式，在吸取先进地区突出产业定位和战略规划、依托科技园区带动区域发展、集聚大量科技人才、科技与金融相结合等方面的经验基础上，提出了完善南京市六合区基层政府科技管理的对策建议。　　处于科技管理体制最底层的六合区基层政府必须针对存在的问题采取相应措施，准确定位科技管理工作，明确工作思路，通过转变科技管理模式、加强组织机构和队伍建设、完善科技政策体系、构建创新创业多元化投入机制、打造多元化公共科技服务平台、建立科技项目监督管理机制、构建人才引进和培育体系等措施提高基层政府科技管理能力，构建适应本地区经济社会发展的科技创新体系，促使科技更好的为区域经济社会发展服务。