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水稻（Oryza sativa L.）是世界上最重要的粮食作物之一,中国就有一半以上的人口以稻米为主食。长雄蕊野生稻（Oryza longistaminata）是一种起源于非洲的野生稻种,与栽培稻同属于AA基因组。长雄蕊野生稻对白叶枯病和稻瘟病等多种病害具有良好的抗性,而且具有很多有利的农艺性状,可用于培育高产的亚洲栽培稻新品种。穗是水稻的经济器官,直接决定水稻的产量,穗长是水稻产量构成的主要因素之一。虽然已经有较多报道对控制水稻穗长的基因或QTL进行了研究,但很少有以野生稻为研究对象。在本研究中,以黄华占为母本、长雄蕊野生稻为父本,构建了F2无性系群体,用于穗长QTL定位；对亲本黄华占和长雄蕊野生稻全基因组重测序,并对其基因组进行分析。研究结果如下：1.对长雄蕊野生稻和黄华占全基因组重测序数据与参考基组（Oryzaindica9311 ensembl release22）比对结果表明：长雄蕊野生稻能比对上参考序列reads的数量为61435516,占总Clean Bases比例为96.17%；黄华占能比对上参考序列reads的数量为28453628,占总Clean Bases比例为98.96%。同时在长雄蕊野生稻和黄华占间检测出大量SNP/InDel位点,其中长雄蕊野生稻和黄华占间的SNP位点有7451883个；长雄蕊野生稻和黄华占间InDel位点有79854个,这些位点可用于开发两个亲本间的多态性分子标记。2.获得了以黄华占为母本与长雄蕊野生稻为父本的130株系的的F2无性系群体。3.利用147个多态性分子标记构建了覆盖水稻12条染色体的分子连锁图谱,该图谱总长1844.38cM,标记之间的平均距离为12.55cM。4.长雄蕊野生稻穗长（39.65cm）和黄华占穗长（26.94cm）存在显著性差异,在F2群体表现出超亲分离,遗传分析表明,穗长表型呈正态分布,是由多基因控制的数量性状。5.在两个不同环境下共检测到6个穗长QTL,分别位于第4、9、10和11号染色体上,LOD值介于2.52-5.54之间,加性效应值介于-6.03-6.13之间,单个QTL贡献率介于2.32%-7.76%之间,分别命名为qPL4、qPL9.1、qPL9.2、qPL10、qPL11.1和qPL 11.20其中其中只有一个QTL（qPL9.2）被重复检测到,该QTL的贡献率分别为6.64%（E1）和3.18%（E2）；其中qPL11.1和qPL11.2的贡献率最高,分别为7.64%和7.76%。