随着我国市场经济体制改革的深入和政府职能的转变,市场治理机制在我国经济运行中起着越来越重要的作用。行业协会作为成熟市场经济体制中一种重要的市场治理机制,是沟通政府与市场之间联系的桥梁,对市场秩序和行业发展秩序的建立和维持起到了不可或缺的作用。行业协会作为第三方私人治理机制,能够对市场交易行为进行治理,是对国家正式第三方治理机制的补充。在市场经济中,需要各种治理机制相互匹配、嵌套才能发挥最佳的制度效应。本文通过对我国转型期背景下行业协会的发展历程分析,发现与理论上第三方私人治理机制的自发演进产生所不同。而产生这一现象的主要根源是我国正处在从计划经济体制向市场经济体制转变的转型期。本文依据行业协会在发挥不同职能时与企业的关系不同,将行业协会在市场机制中的目标职能分为两类:对行业内部企业交易行为的内部治理职能和作为行业企业的整体代表增进全行业利益的外部治理职能。通过对转型期背景下我国行业协会的市场治理职能分析,发现与目标治理职能间存在差距。本文最后对其中的深层原因进行分析并提出了未来我国行业协会职能改进的思考。