本论文选用参与酱香型白酒发酵过程各阶段发酵原料为实验对象,主要包括酒曲、发酵酒醅(上、中、下三层)、窖泥和堆积酒醅。通过传统微生物培养法、微生物群落水平生理学指纹方法中的Biolog法、脂肪酸(PLFAs)图谱法和现代分子生物学中的PCR-DGGE技术共四种现代生物技术手段研究和分析各种样品中微生物群落结构。从传统培养方法的结果我们可以看白酒发酵各个阶段微生物数量差异明显。微生物总量大小依次为：酒曲>堆积酒醅>发酵酒醅。发酵酒醅各阶层微生物总量也有差异,依次为：发酵底泥>上层酒醅>中层酒醅>下层酒醅(CFU)；各醅层微生物群落的霉菌、酵母、细菌组成情况也各异。通过Biolog微平板培养法我们看到白酒发酵阶段样品微生物活性随培养时间的延长而提高。用磷脂脂肪酸(PLFAs)研究白酒发酵阶段样品微生物群落结构,实验从样品中共检测到从C14-C22之间的30种PLFAs.其中16：00、16：1w7c、18：00在各样品中均检测到,即为发酵优势菌种。PCR-DGGE研究细菌微生物群落结构发现：发酵阶段各样品的微生物群落结构差异较明显。经过条带测定,样品中还存在着较多尚未被认识的微生物,这也说明使用基于非培养手段的分子生物学技术直接对酒曲样品总DNA分析有助于发现新的微生物种类。实验所分析的14种酒醅细菌群落中除了不可培养细菌未被归类外,其他主要属于厚壁菌门Firmicutes,包括乳杆菌目Lactobacillales的乳杆菌科Lactobacillaceae、芽孢杆菌目Bacillales的芽孢杆菌科Bacillaceae等类群,其中乳杆菌目占绝对优势。