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仿刺参（Apostichopus japonicus）是我国北方最重要的海水养殖经济物种之一，在我国海水养殖产业占据重要地位。基因组大片段文库是基因组学研究必不可少的基础工具，基因作图的先决条件。为了阐明仿刺参基因组的结构与功能，开展基因作图、图位克隆重要功能基因、QTL定位，最终实现仿刺参全基因组测序，本研究在系统地摸索并优化了BAC文库构建过程中几个关键技术环节的基础上，成功构建了一个仿刺参细菌人工染色体(Bacterial ArtificialChromosome, BAC)文库。1、仿刺参基因组大小的测定仿刺参基因组大小测定采用流式细胞术，以鸡（Gallus domesticus）红血细胞DNA含量（2.5pg/2C）为内标，用仿刺参（A. japonicus）体腔细胞测定了15只刺参的基因组含量，其C-值为(0.84±0.02)pg，由此得出仿刺参基因组大小为(821.5±19.56)Mb。2、仿刺参BAC文库的构建及质量鉴定本研究构建的仿刺参基因组BAC文库由单种酶切文库（Mbo I文库）构成，目前包括19个384板，总计7,206个克隆。随机挑取30个BAC克隆进行质量鉴定，结果显示，Mbo I文库平均插入片段大小约为103kb，覆盖仿刺参基因组0.9倍。基因组文库覆盖率与基因在文库中出现的几率密切相关，为了确保目的基因在文库中出现的高概率，扩增库容的工作正在进行中。同时，对5个插入片段大于100kb的BAC克隆稳定性检测表明，插入DNA片段在大肠杆菌宿主中遗传稳定，没有BAC克隆存在插入片段的丢失和重排现象。本研究构建了我国第一个海参BAC基因组文库，尽管目前文库的覆盖率和插入片段大小及均匀程度还不能满足基因筛选、作图和测序等需要，但是一个完整的适用海参的BAC文库构建技术体系已经建立，为海参的基因组研究提供了技术支撑。