近年来,随着国家科研经费投入的大幅增长,我国科研水平不断提高,国家越来越重视科研经费的管理,对科研经费管理的监管力度不断增大。然而我国科技创新力不足以及一系列科研腐败案件的曝光引发了公众对科研经费管理的担忧。研究高校科研项目经费管理中存在的问题对于推动我国高校科研项目经费管理的完善、提高我国高校科研项目经费管理水平、提升高校科研项目经费的使用效率等,具有一定理论和实践意义。本文在查阅前人研究成果、借鉴发达国家科研经费管理经验的基础上,根据管理学、经济学相关理论有针对性地对A高校科研项目经费管理的现状进行分析,深入剖析问题产生的原因及其根源,进而提出解决这些问题的对策建议。论文首先简要阐述了我国高校科研项目经费管理的基本模式,简要介绍了委托代理、共谋和防共谋、责任分散效应及项目管理四个理论并运用委托代理理论分析了A高校科研项目经费管理博弈中各方的委托代理关系。结合实际情况介绍了A高校科研项目经费管理的现状,并从绩效工资分配方法、教师晋升条件、博弈各方共谋等方面分析了A高校科研项目经费管理中存在的问题,剖析了问题的根源。最后,论文结合A高校科研项目经费管理的实际情况,有针对性地提出改进激励机制、防共谋机制设计、管理流程优化、建立项目管理办公室等对策建议。