农村土地制度改革不仅关系到农业现代化的进程,更关系到农民的切身利益。在坚持农村集体土地所有制的基础上,中央政府提出承包权与经营权要相分离,实现所有权、承包权、经营权三权分置,促进农业规模化、现代化生产。因此,三权分置成为了我国农村新一轮土地制度改革的基本方向。三权分置的实行与农民的土地权益息息相关。在三权分置下,如何保护农民土地权益不仅关系到农民个人,更关系到农村发展和社会稳定。在新一轮农村土地制度改革的背景下,本文主要研究农民土地权益保护问题。由于当前法律法规缺乏对土地所有权主体、承包权与经营权权利内容的明确规定,及土地制度的缺陷导致了许多严重影响农民土地权益的行使和损害农民土地权益的问题。例如土地经营权性质不明确、土地承包权与经营权权利内容相似、土地所有权、承包权权利受限、集体土地所有权、承包权、经营权权利救济不足等等。笔者从农村土地产权、土地流转、用途管制、征地制度等制度层面,来深层次分析三权分置下农民土地权益保护出现问题的原因。然后提出了相应的对策建议。诸如明确农村产权主体,界定三权权属内容,健全土地流转制度,完善用途管制和征地制度,同时转变理念,成立农民合作组织并鼓励农民合作组织经营土地,以及构建农民土地权益纠纷解决机制和土地经营权流转风险防控机制,以此来保护和实现农民土地权益。