本论文针对蛋白质组学分析中自动化高通量分析和蛋白质样品预处理技术这两个方面存在的不足,发展了三种自动化高通量分析方法和两种组织样品预处理技术。针对常用的反相C18预柱系统存在的问题,发展了基于强阳离子交换预柱的自动进样分析系统。与反相C18预柱系统相比,该系统不仅能够显著减小预柱系统中死体积的影响,而且鉴定的肽段数目和所匹配的蛋白数量都有较大的提高。建立了一种利用强阴离子交换预柱分析磷酸化肽样品的自动化分离系统。该系统既可以克服反相预柱系统的缺陷并提高样品的分离效果,又可以对磷酸化肽样品进行二次富集,进一步减少富集后样品中非磷酸化肽的干扰,进而提高对磷酸化肽的分析能力。利用具有低柱压特性的甲基丙烯酸十二酯-乙二醇二甲基丙烯酸酯(LMA-EDMA)整体柱构建了一个自动进样系统用于蛋白质组学分析。该系统不使用预柱,可避免预柱进样系统中死体积的影响,具有良好的分离能力。提出了一种用于福尔马林固定化组织蛋白提取的新方法,研究结果表明该方法优于目前文献报道的方法,并发现福尔马林固定化过程对固定化组织的Shotgun蛋白质组分析影响很小。采用四步顺序提取法提取骨组织中的蛋白质,并对其酶解产物进行了二维液质联用分析。结果发现该方法的蛋白提取效率高于传统方法,最终鉴定了2479个蛋白,这是第一次大规模的骨蛋白质组分析结果。